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讓醫學更:從蛋白質組學加入癌癥登月計劃說起

閱讀:962      發布時間:2016-11-10
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讓醫學更:從蛋白質組學加入癌癥登月計劃說起

 

蛋白質組學加入癌癥登月計劃

 

去年初,奧巴馬提出醫學;今年初,癌癥登月計劃(Cancer Moonshot 2020)讓醫學正式落地。隨后,科學家發文呼吁:生命活動的實際承擔者、大部分的疾病標志物、絕大多數的藥物治療靶標都是蛋白質,因此,癌癥登月離不開蛋白質組學。隨著CPTAC針對TCGA腫瘤樣本蛋白基因組分析*期的完成,越來越多的科學家逐漸意識到蛋白質組學對癌癥治療的重要性。

終于,今年7月,美國VADoD、NCI三部門聯合宣布將建立*個同時進行基因信息和蛋白信息表征的醫學系統,把基因組和蛋白質組作為常規檢測手段,對癌癥病人進行個性化蛋白基因組表征,為更快速、更地用藥提供指導。*步將進行8000個癌癥病人的隊列研究。

9月的HUPO上,CPTAC宣布將進行TCGA腫瘤樣本第二期和第三期的蛋白基因組研究,開展大規模臨床實驗,驗證蛋白質組層面的癌癥表征對更快速、更制定治療方案的指導作用。同時,7個國家和地區(澳大利亞、韓國、中國大陸、中國臺灣、瑞士、加拿大、德國)聯合宣布加入“癌癥登月計劃”,合作開展大規模癌癥樣本的蛋白基因組研究。

至此,蛋白質組學正式加入“癌癥登月計劃”。做了十多年蛋白質組的苦逼小編,終于看到了蛋白質組學迎來曙光。

 

Thermo Fisher加入癌癥登月計劃

 

無*偶,作為*擁有基因組、轉錄組、蛋白質組、代謝組四大組學全部解決方案的工業界“巨無霸”,Thermo Fisher也在上個月宣布加入“癌癥登月計劃”,先定了個小目標:*步將參與血液活檢數據庫(Blood Profiling Atlas)建設。

公司CEO Marc N. Casper在接受采訪時說:“癌癥登月是一項雄心勃勃、困難重重的項目,需要人才和先進的技術加入,我們將專注于率的癌癥篩查、診斷、監測、治療,并將我們的專業技術和獲得的數據奉獻給醫學”。

 

BiognosisThermo Fisher聯合推廣臨床樣本數字化DIA-MS解決方案

 

蛋白質組樣本數字化致力于將臨床樣本轉化為數字樣本。它是實現多組學層次的生命健康大數據,構建數字樣本庫和疾病數據庫的利器。DIA-MS是蛋白質組樣本數字化的技術:它重現性好、方法統一、定量準確度高,特別適合規?;?、標準化的組織、體液、活檢樣本的采集。

DIA-MS的推動者是蛋白質組學大牛Ruedi Aebersold,他于2012年發展的SWATH-MS被廣泛認識。然而DIA-MS的規?;R床應用存在兩個瓶頸:一是高靈敏、高分辨、高的質譜技術,以獲得高質量數據;二是快速、準確、高通量、一鍵式的數據處理軟件,以更地解讀數據。

為了突破軟件瓶頸、更好地將樣本數字化推向臨床,Ruedi主導成立Biognosis公司,致力讓DIA-MS更快、更準、更簡單,其核心產品Spectronaut實現了超過1000DIA原始文件同時分析(小編被震精了(?))、一鍵式操作、*譜圖解析率、平均峰面積CV<10%等“壯舉”。剛剛on-lineNature Biotechdoi:10.1038/nbt.3685)比較了目前常用的DIA-MS軟件,無論是準確度、靈敏度還是速度,Spectronaut均排名*。

質譜方面,Orbitrap技術的飛速發展有效突破了DIA-MS的硬件瓶頸。Biognosis公司配備了三臺質譜均為Orbitrap,分別為Lumos, QEQE HF。為什么RuediBiognosis轉而選擇Orbitrap?事實已經說明了一切。

10月,Biognosis正式登陸中國,并與Thermo Fisher聯合,分別利用軟件和硬件優勢,突破瓶頸,打通DIA-MS全流程,實現真正適用于臨床大規模樣本數字化的一鍵式DIA-MS解決方案,引發多家實驗室的強烈關注和爭相試用。

 

蘇黎世大學醫院與Thermo Fisher合作建設臨床樣本數字化平臺

 

瑞士醫院——蘇黎世大學醫院(University Hospital Zurich)在今年HUPO宣布與Thermo Fisher合建數字化病理樣本實驗室,將ThermoDIA-MS解決方案用于癌癥活檢樣本數字化,構建癌癥蛋白質組數字樣本庫與數據庫,致力于在未來讓癌癥診斷和治療像Google檢索那樣簡單。

該合作平臺的,ETHBernd Wollscheid博士同時宣布將基于該平臺開展“蘇黎世癌癥地圖”(Zurich-Cancer-Maps)項目,首期將進行上萬例癌癥病人活檢樣本的數字化和蛋白質組表征,在蛋白質組層面解讀基因組,尋找癌癥個性化治療新方案。

 

“賽魔”帶你“飛”——日趨成熟的蛋白基因組與多組學整合策略

 

隨著三篇CNS文章的報道和“癌癥登月計劃”的納入,蛋白基因組這一熟悉而又陌生的名詞逐漸進入大家的視線。由于蛋白基因組的復雜性、臨床研究的嚴謹性,Orbitrap又成了目前*勝任蛋白基因組分析的平臺╮(╯▽╰)╭。

在剛剛結束的一年一度的華大基因ICG盛會上,Thermo Fisher生命科學質譜副總裁Ken Miller博士受邀做大會報告,為大家詳細解讀了蛋白基因組的進展、重要意義和實施方案。Ken Miller博士強調,蛋白質組與基因組的結合,才能夠讓醫學更。

如果你還是對蛋白基因組一頭霧水,沒有關系,我們國內的資深應用工程師周岳關于蛋白基因組學與多組學整合的網絡講座視頻剛剛上線,他深入淺出地講解了蛋白基因組學到底在做啥、怎么做,滿滿的都是干貨。歡迎各位圍觀,相信一定能讓你拓寬視野。以下的視頻地址的二維碼。

除此之外,蛋白質組學在表觀遺傳、免疫學研究中的重要性也逐漸顯現,各類會議報告、學術成果不斷,想深入了解的童鞋可以搜搜曹雪濤院士今年的文章和綜述,相信一定會有收獲。\(^o^)/YES!

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