近年來，腸道微生物研究如同打開了一扇通往人體健康奧秘的新大門，數萬億微生物構成的"人類第二基因組"，不僅受到飲食、環境、藥物、重大事件等影響，其失衡與代謝、免疫、癌癥等多種疾病緊密相關，研究腸道微生物及代謝產物與疾病發生發展的因果機制，有助于進行疾病的精準預防和治療，相關學術成果頻頻刊登在學術頂刊。
2025年1月，南方醫科大學珠江醫院周宏偉課題組聯合多家單位在Nature medicine(IF=58.7)發表了題為“The gut-brain axis underlying hepatic encephalopathy in liver cirrhosis”的研究論文，該研究使用了賽默飛TSQ三重四極桿液質平臺，通過代謝組學、宏基因組、轉錄組等技術，揭示了肝性腦病的腸-肝-腦軸新機制，發現腸道微生物活潑瘤胃球菌（R. gnavus）可以通過苯丙氨酸脫羧酶和代謝產物驅動肝性腦病，為肝性腦病確定了一個有前景的治療和預測靶點。
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背 景
約50%-70%的肝硬化患者會發展為肝性腦病，表現為震顫、記憶障礙、昏迷等癥狀，嚴重影響患者生活質量，甚至導致死亡。傳統的“氨中毒”理論及療法無法解釋肝性腦病發病機制，且血氨水平與疾病的發病及嚴重程度不總是一致。多項研究表明，腸道菌群失衡與肝性腦病密切相關。因此，研究團隊從腸道菌群入手，探索肝性腦病的發病機制，為肝性腦病找到新的診療靶點。
技術創新與優勢
該研究結合多組學技術，通過動物實驗及臨床隊列驗證，揭示了腸道共生菌R. gnavus通過苯丙氨酸脫羧酶（PDC）及其代謝產物（PEA）驅動肝性腦病的新機制。PEA是一種神經毒性物質，能夠穿透血腦屏障，對大腦造成損傷，引發肝性腦病癥狀。
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代謝組學結合宏基因組揭示R.gnavus 驅動的肝硬化中PDC豐度增加
為了系統地探究腸道微生物與大腦互作的全貌，研究團隊首先構建了112個GBMs腸道-大腦模塊，每個模塊對應特定的神經活性物質生成與降解過程。采用該預測模塊對來自四個肝硬化隊列進行宏基因組數據深度挖掘，發現肝硬化患者的單胺神經遞質模塊顯著富集，在肝硬化患者中增加約10倍，肝性腦病患者增加更多。TSQ 三重四極桿液質分析表明，多種酶可以將芳香族氨基酸轉化為單胺。進一步研究表明，產單胺神經遞質模塊的主要基因是芳香族氨基酸脫羧酶（AADC）編碼基因，并主要由R. gnavus編碼，其中PDC基因豐度與R. gnavus顯著正相關，是單胺合成過程的關鍵酶。
圖1. R. gnavus驅動的PDC基因在4個肝硬化患者隊列中豐度增加（點擊查看大圖）
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代謝組學結合轉錄組學揭示肝硬化患者腦部PEA累積
為了驗證R. gnavus 的神經毒性以及PDC的關鍵作用，研究團隊構建小鼠隊列模型，分別對無菌小鼠灌胃野生型R. gnavus及PDC突變菌株。TSQ 三重四極桿液質譜靶向代謝組學分析發現，野生型R. gnavus使小鼠糞便和血清的單胺水平顯著升高，但是腦組織的PEA含量未見明顯變化。后續實驗證實，在肝硬化狀態小鼠中，定植R. gnavus才會導致腦PEA累積，同時小鼠出現記憶障礙、焦慮等典型肝性腦病早期癥狀。通過靶向抑制PDC功能或中和PEA，可有顯著減少大腦中PEA的積累，有效逆轉肝性腦病癥狀，證實了R. gnavus-PDC-PEA軸在肝性腦病中的核心作用。
圖2. 靶向PDC減輕肝性腦病患者糞便微生物引起的神經毒性（點擊查看大圖）
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臨床隊列驗證高水平PEA患者肝性腦病風險增加
研究團隊對60名接受經靜脈肝內門體分流術的患者進行了隨訪。結果顯示，術前高PEA水平術后肝性腦病發生風險顯著增加，是低PEA水平患者的7倍，驗證了PEA水平與肝性腦病因果關系，提出血清PEA可能成為肝性腦病發病潛在的預警標志物。
代謝組學:腸道微生物研究的利器
在這項突破性研究背后，代謝組學技術扮演著重要角色。采用代謝組學技術解析腸道微生物代謝物的組成及動態變化，為揭示菌群-宿主潛在的互作機制及疾病發生的因果關聯提供關鍵技術支持。
本研究中糞便、血清及腦部樣品中代謝物檢測采用的是TSQ三重四極桿液質平臺，實現了單胺類物質包括PEA高通量、高靈敏定量分析。賽默飛在代謝組學領域具有一站式解決方案。靶向代謝組學領域，TSQ三重四極桿質譜以低豐度代謝物高度覆蓋，為代謝物精準定量奠定了堅實基礎； 2024年全新推出的Stellar線性離子阱質譜儀在通量、靈敏度及方法開發易用性上全面提升，成為大小分子定量領域耀眼的恒星。非靶向代謝組學領域，更有金標準Orbitrap超高分辨質譜，為隊列樣本檢測提供了超高分辨率、靈敏度及高質量精度，為代謝組學研究者所面臨的的挑戰—樣本基質復雜、代謝產物鑒定數量不足、辨別假陰性/假陽性結果等問題提供強大的技術支撐。
后記：
據悉，研究團隊繼續以R. gnavus-PDC-PEA為核心，深入解析驅動肝性腦病的詳細分子機制，并采用多組學技術全面篩查腸道菌群產生的其他可能神經毒性物質。未來，團隊將探索基于腸道微生物調節的干預策略，推動研究成果向臨床轉化，為肝性腦病患者帶來新的診療方案。
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