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使用小型飲用水消毒臭氧發生器進行消毒滅菌時，無有害殘留物（如致癌鹵代有機化合物的氯消毒），對提高飲用水消毒質量非常有效。地表水含有各種有機、無機和各種細菌和病毒。臭氧對地表水的深度處理基本可以達到比較好飲用水的標準。研究表明，當水中臭氧濃度為0.4ppm時，細菌和病毒都可以被殺死，細菌和病毒的殺死速度比細菌快。臭氧處理后的飲用水水質比較好，可以防止管道中微生物的生長，保護人體健康。如果只用紫外線消毒滅菌，只能穿過一定厚度的水層，消毒滅菌不比較*地，而臭氧消毒*可以解決問題。如果臭氧和紫外線聯合消毒滅菌，比單獨使用任何一種方法都有更好的效果和節能。
自來水直接用臭氧消毒要簡單得多，所需臭氧濃度大大降低。但是臭氧非常容易分解，需要在它們的末端加入少量的余氯，防止供水管道中的細菌再次滋生。在其他國家，用臭氧處理游泳池水也很常見。臭氧消毒后，池內水質清澈透明，比較*地解決了氯消毒對眼睛和皮膚的刺激問題。在我國一些經濟發達地區，用臭氧對游泳池的水進行消毒，效果良好。向不同區域供水時，必須使用臭氧進行消毒滅菌。只有這樣，飲用水才能保持無菌和富氧。小型飲用水消毒臭氧發生器分解后可以產生氧氣，不僅可以提高食用水生生物的生活質量，還可以對它們的生活場所進行消毒。但應避免臭氧濃度超過0.1mg/L，否則會對水生生物造成危害。
