液相色譜儀是實驗室常見的儀器，其發展歷史也相當悠久。

二十世紀初期，植物學家茨維特在1906年發表的關于色譜的論文中寫到：將一植物色素的石油醚溶液從一根主要裝有碳酸鈣吸附劑的玻璃管上端加入，沿管濾下，然后用純石油醚淋洗，結果按照不同色素的吸附順序在管內觀察到它們相應的色帶，他把這些色帶稱之為“色譜圖"。遺憾的是，在隨后的二十年內這一新的分析技術都沒有得到科學界的注意和重視。

直到1931年，庫恩報道了他們關于胡蘿卜素的分離方法時，色譜法才引起了科學界的廣泛注意。

1941年，馬丁和新格用一根裝滿硅膠微粒的色譜柱，成功地完成了乙酰化氨基酸混合物的分離，建立了液液分配色譜方法，他們也因此獲得了1952年諾貝爾化學獎。

1944年，康斯坦因和馬丁建立了紙色譜法。1949年，馬丁建立了色譜保留值與熱力學常數之間的基本關系式，奠定了物化色譜的基礎。

1952年，馬丁和新格創立了氣液色譜法，成功地分離了脂肪酸和脂肪胺系列，并對此法的理論與實驗做了精辟的論述，建立了塔板理論。1956年，斯達建立了薄層色譜法。同年，范·底姆特提出了色譜理論方程；后來吉丁斯對此方程作了進一步改進，并提出了折合參數的概念。這一系列色譜技術和理論的發展都為HPLC的問世打下了扎實的基礎。

1960年代早期，由于氣相色譜對高沸點有機物分析的局限性，為了分離蛋白質、核酸等不易氣化的大分子物質，分析化學家們把目光轉向了液相色譜。

在儀器發展方面，HPLC的第一個雛形是由斯坦因和莫爾于1958年發展起來的氨基酸分析儀，這種儀器能夠進行自動分離和蛋白質水解產物的分析。在六十年代早期的相關進展是莫爾發展起來的凝膠滲透色譜。不久以后，沃特世有限公司制造了商業GPC儀，這種儀器經過微小的改進之后可用于HPLC分離。

1968～1971年間，第一臺普遍適用的HPLC商用系統被推出。這種新的色譜儀是由科克蘭、哈伯、荷瓦斯、莆黑斯和里普斯克等人研制發明的。從此，開啟了高效液相色譜的時代，也稱之為現代液相色譜。