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在分子生物學和醫學研究領域，福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）樣本作為寶貴的生物資源，存儲著大量的歷史樣本和臨床信息。然而，FFPE樣本因固定和存儲過程中DNA降解、交聯和片段化等問題，成為二代測序（NGS）分析的技術瓶頸。所以如何通過FFPE樣本中獲得的DNA建立合格的文庫已成為當前測序研究領域亟待解決的問題。
什么是FFPE樣本
FFPE樣本是指通過福爾馬林固定石蠟包埋（Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded）技術處理和保存的生物組織樣本。這種方法能夠較長時間地保存組織標本，且便于運輸，所以廣泛用于病理學、組織學和分子生物學研究，尤其是在癌癥和遺傳學研究中，是研究歷史樣本和臨床樣本的重要來源。
圖1. FFPE標本
FFPE樣本應用
FFPE樣本通過福爾馬林固定能夠有效地保存組織結構和細胞形態，同時通過石蠟包埋將樣本穩定化，為后續的長期保存提供條件。這些樣本具有高度的可存檔性和臨床應用價值，能夠跨越數年的保存時間，便于進行回顧性研究。總的來說，FFPE樣本是連接臨床病理數據與分子水平研究的重要橋梁，特別適用于那些需要從大量歷史臨床樣本中提取基因組信息的研究項目。
圖2. FFPE樣本應用
FFPE樣本特點
FFPE組織切片是寶貴的生物醫學研究材料，被譽為病理科的“瑰寶"。它們蘊藏著豐富的疾病信息，為臨床診斷和科學研究提供了重要的支持。然而，FFPE標本的制作過程卻如同一把雙ren劍，既賦予了它許多優勢，也帶來了某些挑戰。
圖3. FFPE樣本特點
高質量建庫，修復是關鍵
從福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）樣本中提取臨床材料是一種常見且有效的方法。然而，固定和保存過程可能會對樣本中的核酸質量造成損傷，影響其完整性。因此，想要從樣本獲得更多有用信息，包括高質量的序列數據就變得具有挑戰性，尤其是當樣本總量有xian時。翌圣推出的FFPE修復試劑（Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent，Cat#12606ES），由多種酶按特定配方優化混合而成，經過驗證，能夠有效修復FFPE樣本中的DNA。該修復試劑不僅能提高文庫產量，還具有無偏嗜性的特點，整體提升了建庫的成功率。
損傷類型 | 是否修復 |
胞嘧啶脫氨成尿嘧啶 | √ |
切刻與缺口 | √ |
堿基氧化 | √ |
3'端封閉 | √ |
DNA片段化 | × |
核酸蛋白交聯 | × |
表1. FFPE修復試劑修復能力匯總
在文庫構建過程中，設置兩組實驗，針對相同樣本進行比較。一組在末端修復加A步驟中添加修復試劑，另一組不添加修復試劑，同時進行文庫構建。實驗結果顯示，FFPE修復試劑通過修復樣本顯著提高了低質量FFPE樣本的文庫產出，而對高質量FFPE樣本的文庫產量提升則不明顯。
圖4. FFPE修復試劑對建庫產量的影響
對修復試劑在4℃和25℃恒溫條件下進行穩定性測試。結果顯示，在4℃和25℃放置4周后，文庫產量與對照組相比基本無明顯下降趨勢。
圖5. FFPE修復試劑穩定性測試文庫產量監測圖
FFPE樣本承載著大量寶貴的臨床和科研數據。通過我們的FFPE樣本修復試劑，研究人員可以最大限度地挖掘這些樣本的潛能，將“沉睡"的數據轉化為推動醫學進步的重要資源。
無論您是從事腫瘤基因組研究、遺傳學分析，還是歷史樣本解讀，我們的FFPE修復試劑都能為您的研究提供 的支持。加入我們，讓每一份樣本都閃耀它的價值！
產品選擇指南
產品名稱 | 產品編號 | 產品應用 |
MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit 磁珠法石蠟包埋組織DNA提取試劑盒（瓶裝）V2 | 18375ES | FFPE DNA提取 |
Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent FFPE DNA樣本修復試劑 | 12606ES | FFPE DNA修復試劑 |
Hieff NGS® DNA Library Prep Kit 2.0 全能型DNA建庫試劑盒2.0 | 12927ES | 機械法建庫 |
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V3 一步法DNA建庫試劑盒V3 | 12194ES | 酶切法建庫 |
