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之前小翌給大家分享了如何設計qPCR引物這個實用干貨(過癮！一文搞懂qPCR引物設計，實驗達人技能！)，不少小伙伴覺得挺過癮的。但是仍有不少小伙伴表示，自己設計的引物還要做實驗再驗證，要是設計的引物出現問題，又得重新設計等一段時間才能開展自己的實驗，有沒有可以直接用的引物序列呢？畢竟物種的基因組正常情況下不會發生太大變化。
哈哈哈，又來給小翌上強度了，小翌今天針對小伙伴們的需求，給大家上干貨！這一篇給大伙兒介紹如何站在巨人的肩膀上更高效地獲得一些qPCR引物序列~
其實在之前的干貨中，有提到一個數據庫--Primerbank，它是哈佛大學的一個PCR引物數據庫，包含 306,800 多種引物，涵蓋大多數已知的人類和小鼠基因。通過 Real Time PCR 測試了與 27681 個小鼠基因相對應的 26855 對引物，然后對 PCR 產物進行瓊脂糖凝膠電泳和測序。根據瓊脂糖凝膠電泳結果，設計成功率為 82.6%（22187 對引物）。
首先在NCBI上找到目的基因的gene ID，例如，這里選用老鼠基因IL6的gene ID 16193。
Search by選擇 NCBI Gene ID，Species選擇Mouse，輸入16193，點擊Submit，即可獲得相關引物。
看到這，有些小伙伴會表示，自己的研究涉及到的生物樣本不是人或者老鼠，這咋辦？這個方法不適合。別著急，既然國外有專門的院校和網站有引物數據庫，我們國內自然也不會少！
ICG數據庫是北京基因組所在生命與健康大數據中心開發的國際上實時定量PCR內參基因知識庫，對經生物學實驗手段鑒定出的內參基因及其應用實驗實現了有效的挖掘、整合及注釋。截止2023年，已收錄了540個物種，766個研究中的內參基因數據。
以植物當中的擬南芥為例，我們從該數據庫中可以獲取相關應用的內參基因信息。
小伙伴們看到這，心想內參基因引物序列拿到了，那非內參基因對應的引物序列有沒有類似便捷的數據庫呢？
哈哈，有！小翌根據這個需求找到一款由國內西南大學團隊開發的數據庫-qPrimerDB。
qPrimerDB
該引物數據庫的網絡前端提供 1000 多個重要基因組（包括人類、小鼠、斑馬魚、酵母、水芹、水稻、玉米等）的基因特異性和預計算的 qPCR 引物對。qPrimerDB 提供了一個交互式且信息豐富的 Web 圖形界面，用于將搜索和 BLAST 結果顯示為基于表的描述和相關鏈接。在該數據庫中，為每個基因設計了超過 1000 萬對引物對。qPrimerDB 還支持批量下載最佳基因特異性 qPCR 引物對和可能的基因特異性 qPCR 引物對。因此，qPrimerDB 構成了基因表達分析的寶貴資源，將為研究人員節省寶貴的時間。
以昆蟲中的果蠅為例，輸入目的基因相關的CDS ID或者CDS Note，獲取相關基因的序列。
當然，仍有可能出現數據庫中沒有需求基因引物序列的情況。這時候還是需要基于我們在做研究時看的文章或自主引物設計獲取相關的引物序列，用于研究探索。
以上便是小翌給大家分享的干貨了，希望對大家有所幫助~
翌圣生物基因研究完整解決方案
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