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可在長達3‘的克隆化DN段上產生大量的隨機分布的核苷酸替換突變,在將DNA克隆到一個可用來分離單鏈DNA的載體后,用各種可造成特定堿基損傷的化學試劑處理。
實驗方法
- 基本方案
實驗材料 | DNA |
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試劑、試劑盒 | 乙酸鈉 亞硝酸鈉 TE 無水乙醇 dNTP 反轉錄酶 RNA酶 洗脫液 溴化乙錠 |
儀器、耗材 | 水浴鍋 培養箱 |
實驗步驟 | 1. 用限制性內切核酸酶消化DNA以獲得目的DN段,將靶片段雙向克隆到M13噬菌體載體或含有M13復制起始子的質粒載體中。從100 ml 感染細抱培養物中提取單鏈DNA。 2. 在三個微量離心管內各加入40 μg 1 mg/ml 的單鏈DNA,如果靶序列的兩條鏈都要被利用,則需用6個反應。 3. 亞硝酸反應:在一個管內加入10 μl pH4.3的2.5 mol/l 乙酸鈉和50 μl 2 mol/l 亞硝酸鈉,混勻,室溫溫育60 min。 4. 甲酸反應:在另一管內加60 μl 濃甲酸,混勻,室溫溫育10 min。 5. 肼反應:在第三個管內加60 μl 濃肼,混勻,室溫溫育10 min。 6. 毎管加100 μl 2.5 mol/l pH5.5的乙酸鈉,30 μg 擔體tRNA和1 ml 無水乙醇,置干冰中凍至-80℃,放置10 min,離心10 min,去上清,重復乙醇沉淀兩次,再用80 μl TE緩沖液重懸DNA。 7. 在重懸的DNA內加10 μl 4種dNTP混合液,10 μl 10×反轉錄酶緩沖液和100 pmol 的寡核苷酸引物。先在85 ℃溫育5 min,再于40℃溫育15 min。 8. 加10 μl 4種dNTP混合液和30~40 U 的AMV反轉錄酶,37℃溫育1 h。 9. 用緩沖液平衡酚抽提和乙醇沉淀DNA,DNA重懸于100 μl 10×限制性內切酶緩沖液,并用適當的限制性內切酶切割,以便從載體中回收片段。 10. 酚抽提和乙醇沉淀DNA。DNA重懸于10~15 μl 洗脫緩沖液,并加0.5 μl 2 mg/ml RNA酶A,37℃溫育15 min 以降解擔體tRNA。 11. 在非變性的6%聚丙烯酰胺凝膠電泳上,分離從載體上切下的目的片段,凝膠用溴化乙錠染色,切膠,洗脫出DNA。 12. 將純化的插入DNA連接到具有互補末端的質粒或細菌噬菌體載體中。通過常規的轉化程序將連接混合物導入合適的細菌中 |