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一、堿變性法提取質粒DNA
質粒（Plasmid）是細菌染色體外能自身獨立復制的雙股環狀DNA。帶有遺傳信息，可賦予細菌某些新的表型。將質粒指紋圖譜分析方法、質粒DNA探針技術及檢測質粒的PCR技術用于臨床感染性疾病的診斷和流行病學調查已成為現實。質粒作為載體在基因工程中起著重要的作用。
分離和純化質粒DNA的方法很多，但這些方法基本包括三個步驟：即細菌的培養和質粒DNA的擴增，細菌菌體的裂解；質粒DNA的提取與純化。
本實驗學習用堿變性方法提取質粒DNA。
原理
細菌培養物加入SDS和NaOH堿性溶液處理后，菌體裂解，可使細菌的質粒DNA、染色體DNA和RNA一起從細胞內釋放出來，經瓊脂糖凝膠電泳，因各種核酸分子的遷移率不同將上述核酸分成不同的帶。用溴化乙錠（EB）染色后，在紫外線燈下可看到各種核酸帶發出的熒光。根據熒光的位置，可區分不同的核酸帶。
材料
1．菌株E.coliJM109（pUC19），E.coliRRI（pBR322）
2．試劑溶液Ⅰ（50mM葡萄糖，25mMTris.HclPH8.0，10mMEDTA）
溶液II（0.2NNaOH，1%SDS）用前新配制
溶液III（5mMKAc溶液PH4.8）
TE緩沖液（10mMTris.HCl，1mMEDTAPH8.0）
LB液體培養基（胰蛋白胨10g，酵母粉5g，Nacl10g。加蒸餾水溶解，用NaOH調PH至7.5，加水至1000ml，15磅高壓滅菌15分鐘）。
方法
1．接種細菌于5mlLB液體培養基中，37℃培養過。
2．3000rpm/min，離心15min，棄上清。加入100ul溶液Ⅰ懸起細菌沉淀。
3．加入200ul前新配制的溶液II，顛倒EP管5次混合均勻，置冰浴2min。
4．加入150ul溶液III溫和地混勻，12000rpm/min,離心5min。
5．吸取上清清亮裂解液放入另一新EP管中，加等體積酚-氯仿-異戊醇抽提2次，12000rpm/min，離心2min。（若不做酶切，此步可省略）吸取上清放入另一新EP管中，加入二倍體積的冷乙醇，12000rpm/min，離心10min。
6．棄乙醇，干燥后用30ulTE緩沖液洗下核酸，待電泳檢測。
二、瓊脂糖凝膠電泳
瓊脂糖凝膠電泳技術（Agarosegelelectroghoresis）是分離、鑒定和提純DNA斷的有效方法。凝膠分辨率決定于使用材料的濃度，并由此決定凝膠的孔徑。瓊脂糖凝膠可分辯0.1~6.0kb的雙鏈DNA段。瓊脂糖凝膠電泳是一個電場作用。它首先利用瓊脂糖的分子篩效應，此外，在弱堿性條件下，DNA分子帶負電荷，從負極向正極移動。根據DNA分子大小、結構及所帶電荷的不同，它們以不同的速率通過介質運動而相互分離。借助溴化乙錠（EB）能與雙鏈DNA結合的作用，利用EB染色，并通過紫外線激發即可觀察被分離DN段的位置。
材料
1．瓊脂糖、10×TAE電泳緩沖液（40mMTris，20mMNaAc，1mMEDTAPH8.0）
2．載體緩沖液（0.25%溴酚藍，30%）、溴化乙錠水溶液（10mg/ml）
3．凝膠槽、電泳儀
方法
1．取瓊脂糖0.9g，加入100ml1xTAE電泳緩沖液于250ml燒瓶中，100℃加熱溶解。
2．平衡凝膠槽，放好兩側擋板，調節好梳子與底板的距離（一般高出底板0.5~1mm）。
3．鋪板：在溶解好的凝膠中加入終濃度為0.5ug/ml的溴化乙錠水溶液，輕輕混勻，待冷至50℃左右倒入凝膠槽，膠厚一般為5~8mm。
5．DNA樣品與載體緩沖液5：1混合并加入凹孔中（樣品不可溢出）。
6．打開電源，調節所需電壓，電壓與凝膠的長度有關，一般使用電壓不超過5v/cm。
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4．待膠*凝固后，去掉兩側擋板，將凝膠放入盛有電泳液的槽中（加樣孔朝向負，DNA由負極向正極移動），使液面高出凝膠2~3mm，小心拔出梳子。
．據指示染料移動的位置，確定電泳是否終止（溴酚藍的涌動距離在5sRNA和0.3kbDNA帶之間）。
8．電泳完畢關閉電源。將凝膠放紫外燈下觀察并拍照。
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