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96孔酶標板因其96個6mm孔徑的設計，成為常規熒光檢測的選擇，如酶標法、免疫層析等。其普及性高、使用簡便且價格適中，特別適合中小型實驗室進行中小規模的實驗，如ELISA、細胞培養等。而384孔酶標板，擁有384個3.2mm孔徑，是高通量熒光篩選和代謝組學研究的理想選擇。廣泛應用于藥物篩選、基因組學等領域，盡管價格較高，但其在微體積樣品處理及高通量實驗上的優勢顯著。在基因分型實驗中，384孔板能同時處理多達384個樣本，極大地提高了實驗效率。
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