關鍵詞:454(GS FLX系統)超高通量測序|實驗技術服務
簡介:世界*品牌454(GS FLX系統)超高通量測序|實驗技術服務原裝,質量保證,*。
454(GS FLX系統)超高通量測序|實驗技術服務——pCzn1質粒+Arctic Express宿主菌低溫表達體系。
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產品品牌:454(GS FLX系統)超高通量測序|實驗技術服務 http://www.。。com/goodsid/fenleiyi/2868603/1.html
實驗描述
GS FLX系統的工作流程
GS FLX系統的流程概括起來,就是“一個片段 = 一個磁珠 = 一條讀長(One fragment = One bead = One read)”。
1)樣品輸入并片段化:GS FLX系統支持各種不同來源的樣品,包括基因組DNA、PCR產物、BAC、cDNA、小分子RNA等等。大的樣品例如基因組DNA或者BAC等被打斷成300-800 bp的片段;對于小分子的非編碼RNA或者PCR擴增產物,這一步則不需要。
2)文庫制備:借助一系列標準的分子生物學技術,將A和B接頭(3’和5’端具有特異性)連接到DNA片段上。接頭也將用于后續的純化,擴增和測序步驟。變性處理回收單鏈的DNA(sstDNA),具有A、B接頭的單鏈DNA片段組成了樣品文庫。
3)一個DNA片段=一個磁珠:單鏈DNA文庫被固定在特別設計的DNA捕獲磁珠上。每一個磁珠攜帶了一個*的單鏈DNA片段。磁珠結合的文庫被擴增試劑乳化,形成油包水的混合物,這樣就形成了只包含一個磁珠和一個*片段的微反應器。
4)乳液PCR擴增:每個*的片段在自己的微反應器里進行獨立的擴增,而沒有其他的競爭性或者污染性序列的影響。整個片段文庫的擴增平行進行。對于每一個片段而言,擴增后產生了幾百萬個相同的拷貝。隨后,乳液混合物被打破,擴增的片段仍然結合在磁珠上。
5)一個磁珠=一條讀長:攜帶DNA的捕獲磁珠隨后放入“Pico TiterPlate”(PTP)板中進行后繼的測序。PTP孔的直徑(29um)只能容納一個磁珠(20um)。然后將PTP板放置在GS FLX中,測序開始。放置在四個單獨的試劑瓶里的四種堿基,依照T、A、C、G的順序依次循環進入PTP板,每次只進入一個堿基。如果發生堿基配對,就會釋放一個焦磷酸。這個焦磷酸在ATP硫酸化酶和螢光素酶的作用下,經過一個合成反應和一個化學發光反應,zui終將螢光素氧化成氧化螢光素,同時釋放出光信號。此反應釋放出的光信號實時被儀器配置的高靈敏度CCD相機捕獲到。有一個堿基和測序模板進行配對,就會捕獲到一分子的光信號;由此一一對應,就可以準確、快速地確定待測模板的堿基序列。這也就是大名鼎鼎的焦磷酸測序。
6)數據分析:GS FLX系統在10小時的運行當中可獲得100多萬個讀長,讀取超過4-6億個堿基信息。GS FLX 系統提供兩種不同的生物信息學工具對測序數據進行分析,適用于不同的應用:達400 MB的從頭拼接和任何大小基因組的重測序。
GS FLX系統的準確率在99%以上。其主要限制來自同聚物,也就是相同堿基的連續摻入,如AAA或GGG。由于沒有終止元件來阻止單個循環的連續摻入,同聚物的長度就需要從信號強度中推斷出來。這個過程就可能產生誤差。因此,454測序平臺的主要錯誤類型是插入-缺失,而不是替換。
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