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當今農藥多殘留檢測得到世界發達國家高度重視，2006年我國發布了8項植動物源性食品中651種農藥多殘留檢測方法的國家標準。所用的樣品前處理技術各異，但所用的儀器均為GC-MS或LC-MS-MS。農殘檢測主要是配有各種檢測器的GC，輔以HPLC，一般用GC-MS定性和確證，基質復雜時用LC-MS甚至用GC-MS-MS確證。農藥殘留可依化學組分和結構劃分，現按其所需分析檢測儀器的適配性分述如下：
| 檢測項目 | 檢測所需儀器 |
| 有機氯農殘檢測 | 廣為采用配以電子捕獲檢測器氣相色譜儀（GC-ECD），具有高靈敏度、高分離、定量準確等優點。當基質或成分較復雜時，根據GC的保留時間很難定性，則要用質譜檢測器，借助選擇離子檢測（SIM）模式來定性，即使用氣/質聯用儀（GC-MS）甚至GC-MS-MS儀。 |
| 有機磷農殘檢測 | 廣泛使用配以火焰光度檢測器（FPD）或氮磷檢測器（NPD）及ECD的氣相色譜儀檢測，并用GC-MS準確定性。對于高沸點或熱不穩定性的有機磷農殘，應該用配以紫外—可見光檢測器的液相色譜儀（HPLC-UV）。美國AOAC的有機磷農殘檢測標準方法即使用HPLC。近年來也有使用液/質聯用儀（LC-MS）進行有機磷多殘留分析。 |
| 氨基甲酸酯農殘檢測 | 對于熱穩定性較高的氨基甲酸酯農殘，可用氣相色譜儀檢測（GC-FID/NPD/ECD），但大多氨基甲酸酯農藥熱穩定性差，所以廣泛采用柱后衍生，配用熒光檢測器的液相色譜儀（HPLC-FLD）。對于基質復雜的樣品，HPLC的峰分離有諸多困難，故近年來以液/質聯用儀（LC-MS）作為優選的手段。 |
| 擬除蟲菊酯類農殘檢測 | 廣泛采GC-ECD，也有用HPLC-UV，并采用GC-MS確證。 |
| 除草劑農殘檢測 | 廣泛采用GC-ECD或GC-NPD，常用HPLC彌補GC的不足，用配有APCL源的HPLC-MS和GC-MS-MS確證。 |
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