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貫流色譜是20世紀80年代末至90年代初發展起來的一種色譜分離新方法。在這種填料上，既有通常的微孔或大孔，例如50~150nm的微孔，又有貫穿整個顆粒的，孔徑約600~800nm超大孔存在。這種貫穿的大孔，可以允許流動相直接進入填料顆粒的內部并貫穿而過。這樣，就相當于極大地降低了填料顆粒的直徑，即以貫穿孔將填料分割成了很多更細小的顆粒，在這種小顆粒上的微孔已經短到不對傳質過程構成明顯的阻力。因此，在這種貫流色譜填料上，傳質阻力已經非常小。同時，貫穿孔內流動相的線速度正比于柱子中流動相的速度，即傳質過程已由擴散傳質變為對流傳質。這就意味著，在一定范圍內，及時提高流動相速度，也不會降低柱子的分離效率。由于填料上同時還存在有通常的多孔結構，其比表面積并未隨貫穿孔的出現而大幅度降低。
因此，在這種填料上的樣品負載量也不隨流速的增加而減少。再者，填料上600~800nm的貫穿孔，極大地增加了柱子的通透性，使得這種柱子即使工作于很高的流速下，其操作壓力也不需要很高。所以，這種貫流色譜柱可以同時具有高流速、率、高樣品負載量和低操作壓力的特點。
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