免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP)有廣義和狹義之分，廣義的免疫沉淀包括特定目標(biāo)蛋白質(zhì)免疫沉淀（IP）、蛋白質(zhì)復(fù)合物免疫沉淀（Co-IP）、染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）和RNA免疫沉淀（RIP），狹義的免疫沉淀是指特定目標(biāo)蛋白質(zhì)的免疫沉淀，也就是常說的IP實驗，IP實驗可從含有多種不同蛋白質(zhì)的樣品中分離濃縮特定的蛋白質(zhì)。

免疫沉淀原理

免疫沉淀是一種利用特異性抗體結(jié)合抗原，并通過沉淀富集的方式從復(fù)雜的樣本中分離出目標(biāo)蛋白的方法。主要用于從復(fù)雜的生物樣本中分離和純化單一特定蛋白質(zhì)，依賴于抗體對目標(biāo)蛋白的特異性識別并形成抗原-抗體復(fù)合物，然后通過物理方法（如瓊脂糖珠或磁珠 ）將這些復(fù)合物沉淀下來，再結(jié)合Western blot（WB）或質(zhì)譜（mass spectrum，MS）對目標(biāo)蛋白進行檢測分析，即可對目標(biāo)蛋白進行定性/定量分析。

磁珠的優(yōu)勢

l 結(jié)合能力和得率

目前磁性微粒已經(jīng)大幅取代瓊脂糖，成為免疫沉淀和其他微量親和純化方法的支持物。磁性微粒是球形固體，抗體結(jié)合于每個磁珠的表面。雖然磁珠不具有多孔中心以增加結(jié)合能力的優(yōu)勢，但它們明顯小于瓊脂糖微珠（直徑0.2-4 μm），可提供足夠大的總表面積以滿足高容量的抗體結(jié)合，并且抗體很少會在溫和的洗滌步驟（磁體）中丟失。因此，盡管磁珠的抗體結(jié)合能力低于瓊脂糖，但最終的抗原得率通常與瓊脂糖相等或比瓊脂糖更高。

l 可重復(fù)性和純度

使用瓊脂糖時，難以在不破壞和靠近一些沉淀樹脂的前提下移除緩沖液。使用磁珠時，強力磁力架可將磁珠固定在管壁，所以無需碰觸磁珠沉淀即可移除緩沖液。此外，瓊脂糖通常需要較長的孵育時間（使溶液向內(nèi)部空間的擴散）和預(yù)純化步驟（控制非目標(biāo)蛋白的非特異性結(jié)合）。由于所有的相互作用均發(fā)生在磁珠的外表面，并且磁珠的尺寸更均一，所以磁珠的可重復(fù)性和純度通常高于瓊脂糖。

l 簡單、快速和自動化

瓊脂糖和磁珠之間的上述差異正是目前免疫沉淀優(yōu)先選擇磁珠的原因。由于瓊脂糖免疫沉淀需要較長的孵育時間、預(yù)純化步驟和多次離心，所以其需要大量手動操作，總時間為1-1.5小時。相反，一次磁珠免疫沉淀使用只需大約30分鐘即可完成。此外，由于磁性分離不需要離心，在處理多個樣品時更簡單、更快速，更適合自動化。

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