什么是文庫制備?在待測片段兩端連接特定接頭從而使其符合測序平臺要求的過程。Illumina 芯片F(xiàn)lowcell(流動池)是有著8個lane(泳道)的玻璃板,每個lane可以測一個樣本或者多樣本的混合物,且隨機布滿了能夠與文庫兩端接頭分別互補配對或一致的寡核苷酸(oligos,P7和P5接頭),一個lane包含兩列,每一列有60個tile(每條lane有120個格子),每個tile有很多個凹坑,會種下不同的cluster(蔟),每個tile在一次循環(huán)中會拍照4次(每種堿基一次),一次反應cycle在每條lane拍120張照片。Illumina 文庫:基于TA連接P5/P7:和芯片上的oligos(P5‘/P7’)可以互補,目的是讓文庫接到芯片上。Index:標簽,也叫Barcode,因為一個lane可以同時測多個樣品,給每個樣本帶個帽子,測序后可以區(qū)分誰是誰的。接頭連接:利用TA克隆在DNA片段兩端加上能夠與測序儀配合的接頭序列。DNA建庫流程:DNA片段化、接頭連接、連接產(chǎn)物純化、PCR擴增、擴增產(chǎn)物純化、文庫長度分選片段化由于目前市場中NGS測序儀的測序長度通常在 150-550bp 之間,因此需要使用機械打斷或酶切打斷的方法將大片段基因組DNA片段化為小片段的DNA。片段化酶是隨機內(nèi)切酶,不受特定酶切位點的限制,隨機切割對應模板DNA,片段化的產(chǎn)物屬于粘性末端,后續(xù)需要進行末端修復。酶切形成兩條單鏈末端時,產(chǎn)生末端的核苷酸順序不是平齊的,稱為粘性末端;產(chǎn)生核苷酸順序平齊的末端,則稱為平末端。
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