磁珠法提取核酸的3種樣本處理方法

轉自：洛陽吉恩特生物科技有限公司 磁珠法核酸提取實驗室

以生物磁珠為載體提取核酸，所有反應是在液體體系中進行的，但生物樣本多種多樣，有液體也有固體，或者固液混合體，大多數生物樣本在進行核酸提取純化之前需要進行一定的前處理，液化、富集、除雜等都是常見的前處理方式。

一、液化

將固體樣本轉化為液體樣本是最重要的樣本前處理方法，固體樣本是很難直接在試劑盒的作用下用于提取核酸的。固體樣本跟雜質一樣，會嚴重阻礙磁珠吸附核酸，并且耗損大量的磁珠位點，很難取得良好的提取效果。

常見的固體樣本如植物組織、動物組織、泥土、濃痰等。

植物組織和動物組織，可剪取適量的樣本，在研缽內快速研磨。研磨時如果需要保護RNA，可以采用液氮研磨的方式。如果不需要提取RNA，也可以加入裂解液或者生理鹽水幫助研磨成勻漿狀態。

泥土的處理方式主要是通過浸泡。因為從泥土中提取核酸，并非提取泥土本身，而是提取泥土中存在的微生物的核酸。使用生理鹽水或者其他適當緩沖液體浸泡泥土，如果是較為干硬致密的泥土，浸泡前可以先碾碎成小顆粒，浸泡過程中可用小棒攪動幫助泥土分散。浸泡一段時間后，將泥漿用三層濾紙過濾，過濾所得的液體，即可用于磁珠法提取。

如濃痰、膿液等固液混合又較為黏膩的生物樣本，可以先使用氫氧化鈉液體進行堿解液化，再酸中和后，作為液體樣本進行磁珠法提取。

以上方法處理固體樣本，所得的液體，可能并不清澈透明，雜質還是相對較多的，如果必要，使用離心的方式，可以除去更多的雜質，但相對應該控制離心速度在10000r/min以下，否則核酸也會一起隨雜質被離心下去。

二、富集

很多時候，用磁珠法提取的核酸都是微量或者痕量的樣本，直接使用樣本進行操作，所能得到的核酸很少，這就要求下游的檢測試劑靈敏度很高，如果檢測試劑靈敏度不足，在樣本痕量的情況下，很可能檢測不出，出現假陰性。所以對于微量樣本和痕量樣本，可以進行富集前處理。

有些時候，樣本屬于常量樣本，但下游實驗需求核酸量大，也需要對樣本進行富集，以便每個提取都能獲得更多的核酸。

或者樣本量巨大，無法直接使用試劑盒進行提取，也需要進行富集操作。

常見的富集方法包括蒸發和離心。

以土壤浸潤水樣本為例，浸泡大量的土壤樣本，獲得了500ml浸潤水，顯然無法將500ml浸潤水作為樣本直接提取。可以先將樣本分裝在兩個30ml離心管內進行，12000r/min離心十分鐘，棄去上清液后，用適量生理鹽水重懸沉淀后，移入小離心管內，在80℃溫度下蒸發液體至液體量少于300ul，即可用于磁珠法進行核酸提取。

三、除雜

很多生物樣本中都含有大量的雜質，這些雜質有的可以在試劑盒核酸提取的過程中被洗滌液除去，但有些，很難通過后續的試劑盒洗滌直接除去，這就要求我們在樣本前處理的時候，就直接先做初步的除雜。

以大量血液樣本為例，常規定量血液樣本（200ul以下），通常是不需要提前除雜的。但如果血液樣本的量很大，如4-5ml/提取，就很難直接進行了，不僅樣本的量超過常規試劑盒的容納范圍，雜質也非常多。

通常的做法是，提前加入紅細胞裂解液，離心，棄去上層液體，裂解液重懸樣本。

各種各樣的樣本前處理方法是很靈活多樣的，根據下游需求不同，樣本特性不同，通常是多種前處理方式組合應用，以達到效果。

四、結語

    總之，在磁珠法核酸提取的過程中，樣本的前處理工作對整個提取結果會有至關重要的影響。當然，選取合適的磁珠，更能使提取結果事半功倍，吉恩特生物的01系列磁珠，半沉降時間可達15min以上，磁吸時間僅為15s左右，可為操作者帶來不一樣的磁珠操作體驗。詳情可參考文章《4個參數教你鑒別DNA提取磁珠》