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溶劑提取法
溶劑提取是花青素的常規提取方法，溶劑多選擇甲醇、乙醇、丙酮、水或者混合溶劑等。為了防止提取過程中非酰基化的花青素降解，常在提取溶劑中加入一定濃度的鹽酸或者甲酸，但在蒸發濃縮時這些酸又會導致酰基化的花青素部分或全部的水解。另外，對于提取物中可能含有脂溶性成分的樣品，需采用有機溶劑如正己烷、石油醚、乙醚等進行萃取。傳統的溶劑提取方法提取時間長，生產效率較低，且熱溶劑容易造成花青素降解以及生理活性的降低。
國外提取花青素的傳統方法是采用低溫（4~8℃）或者常溫（25℃）避光條件下1%HCl甲醇溶液浸提16~20h，或者采用5%、1%的三氟乙酸的甲醇溶液，4℃條件下浸提24h。考慮到食品中殘留甲醇的毒性，也有用1%的HCl乙醇溶液代替甲醇溶液。另外為了避免酰基化的花青素的水解，也可選擇弱酸如酒石酸、檸檬酸代替鹽酸。而國內則多采用熱溶劑（50~70℃）浸提1~2h的方式，溶劑可選擇不同濃度的醇溶液或酸化的水溶液。
加壓溶劑萃取法
加壓溶劑萃取，又稱加壓液體萃取（PressurizedLiquidExtraction，PLE）、快速溶劑萃取（AcceleratedSolventExtraction，ASE），它是通過外來壓力提高溶劑的沸點，進而增加物質在溶劑中的溶解度以及萃取效率的。
PSE技術對于食品中功能成分的提取主要集中在類黃酮、酚類物質以及其他抗氧化活性成分的研究上。該技術在花青素的提取方面也有報道。采用此技術優化紫甘藍中花青素的最佳提取工藝，最佳參數為：樣品215g，溫度99℃，提取時間7min，溶劑為V（水）:V（乙醇）:V（甲醇）=94:5:1。
水溶液提取法
有機溶劑萃取的花青素多有毒性殘留且生產過程環境污染大，有鑒于此，水溶液提取應運而生。該方法一般將植物材料在常壓或高壓下用熱水浸泡，然后用非極性大孔樹脂吸附；或直接使用脫氧熱水提取，再采用超濾或反滲透，濃縮得到粗提物。
微生物發酵提取法
此方法將生物發酵技術應用于花青素的提取之中，是生物科學與化工生產之間的強滲透與有效結合。微生物發酵法利用微生物或酶讓含有花青素的細胞胞壁降解分離，使細胞胞體內花青素充分溶入到提取液中，從而增加提取的產率與速率。
其他提取方法
包括高壓脈沖電場輔助提取、雙水相萃取、超高壓輔助提取。前兩種可應用于蛋白質、核酸、多糖的提取研究，而超高壓輔助提取已成功用于葡萄中花青素的提取之中，且對比發現高壓輔助提取花青素等多酚類的效率可以提高近50%。
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