菌種的保藏常采用干燥、低溫和隔絕空氣等措施，將其新陳代謝限制在較低范圍內，使其生命活動處于半長期性的休眠狀態，使菌種能夠存活、不污染雜菌、不發生或較少發生變異，保存菌種原有的各種生物學性狀。
較常用的菌種保藏法有斜面或半固體傳代保藏法，以及冷凍真空干燥法和液氮超低溫保藏法等。其它尚有載體保藏法和懸液保藏法等。
斜面或半固體傳代保藏法:
此法保藏菌種常用的培養基有普通肉湯瓊脂斜面、血清斜面、血瓊脂斜面、雞蛋斜面和血清肉湯半固體培養基等等。在斜面或半固體培養基表面，往往加入滅菌液體石蠟，用以隔絕空氣。此外，厭氧菌的傳代保藏則常采用瘡肉基。
冷凍真空干燥法:
將加入一定保護劑（如無菌脫脂牛奶）的菌種懸液冷凍，然后在凍結狀態下經過真空干燥，使菌種處于半長期性的休眠狀態，從而達到長久保藏的目的。一般可保藏數年甚至數十年之久。該法需要特殊的低溫干燥設備 。
液氮超低溫保藏法:
將保藏的菌種分散在保護劑中（如甘油、二甲亞楓、蔗糖和吐溫80等），或將平板上生長良好的培養物打塊，原封不動地置于保護劑中，預凍后保藏在液氮超低溫（-196℃）中。該法是目前較理想的菌種保藏方法，可較長期保藏菌種。