使用無污染的移液器能確保準確性，因此每次使用前后必須確保移液器清潔。
日常只需清潔移液器的外表面即可，操作如下:

1 拆除移液器中的安全圓錐過濾器
2 使用柔軟的無紡布蘸取消毒液或中性清潔劑輕輕擦拭移液器的表面
3 用蘸取純水（3級）或蒸餾水的濕布底清除移液器上的所有清潔劑然后擦干
4 將新的安全圓錐過濾器安裝在移液器上
 
 

清潔是指去除移液器上的一切異物，如灰塵、核酸、蛋白質、緩沖液和鹽。
去污是指去除或殺死病毒、細菌和真菌等微生物。此外還涉及化學品和放射性物質的去除或中和。
移液器的下半部分要根據使用情況及時清潔和去污，建議每3個月清潔一次, 操作如下:
 
1 參閱移液器用戶手冊，查看移液器清潔或去污方案及所選清潔溶劑的化學兼容性
2 戴上手套，拆下移液器下半部分部件
3 使用所選的清潔劑底清潔移液器的下半部分部件，并擦拭移液器手柄的外部
4 使用純水（3 級）或蒸餾水底清除移液器上殘留的清潔溶劑
5 重新潤滑移液器
6 移液器的維護和性能測試可外包給服務供應商
 
為了底清潔和去污，還可對移液器進行高壓滅菌，操作如下：
 
1 取下安全圓錐過濾器
2 確認可高壓滅菌的部件
3 將移液器或部件放入滅菌袋，然后置于高壓滅菌鍋內
4 在121℃和1 bar的高壓下滅菌20分鐘
5 冷卻并晾干相關部件
6 安裝新的圓錐過濾器
7 重新組裝移液器并進行性能檢查