剛果紅染色法特指用剛果紅將纖維素染色的方法。剛果紅能與培養基中的纖維素形成紅色復合物，常用的剛果紅染色法有兩種。在剛果紅中加入氯化鈉可以可以使結合不牢的剛果紅洗去。

剛果紅的原理：

剛果紅篩選主要是根據菌落降解纖維素,可以形成降解圈,氯化鈉沖洗再烘干后可以讓降解圈看的更清楚,更易觀察、它可以與像纖維素這樣的多糖物質形成紅色復合物,但并不和水解后的纖維二糖和葡萄糖發生這種反應.在含有纖維素的培養基中加入剛果紅染色后,再Nacl用漂洗,Nacl可以使結合不牢的剛果紅洗去,這樣就留下大大小小的透明圈。

剛果紅染色法的使用：

方法一,先培養微生物，再加入剛果紅進行焰色反應

在長出菌落的培養基上，覆蓋質量濃度為1 mg/mI的CR溶液，10～15 min后，倒去CR溶液，加入物質的量濃度為l mol/l的NaCI溶液，15 min后倒掉NaCl溶液，此時，產生纖維素酶的菌落周圍將會出現透明圈。

（加NaCl的原因：剛果紅是結合到培養基的多糖底物，但分解纖維素的細菌可以產纖維素酶，能分解這個多糖底物成為寡糖，這樣剛果紅就不能結合上去了，氯化鈉就可以使結合不牢的剛果紅洗去，這樣就留下大小不一的透明圈，大的透明圈分解纖維素的能力就強）。

方法二，在倒平板時就加入剛果紅

配制質量濃度為10 mg/mI的CR溶液，滅菌后，按照每200 mI培養基加入1 mICR溶液的比例，混勻后倒平板。等培養基上長出茵落后，產生纖維素酶的菌落周圍將會出現明顯的透明圈。