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寡核苷酸合成后，為了純化寡核苷酸成為天然的DNA結構，首先必須去除保護基團。通過濃ammonium hydroxide處理，合成的寡核苷酸從固相載體上分離，2-氰乙氧基--磷酸二脂鍵的保護基團，以及堿基的保護基團基（苯甲酰基和異丁基）被去除，從而形成了天然的DNA結構。然而，必要的去保護步驟完成后，寡核苷酸混合物還包含幾種必須被去除的小分子有機化合物。所有非必須有機化合物被移除的過程通常叫做脫鹽。脫鹽純化可以借助反向硅膠柱進行。盡管脫鹽純化可以移除所有的非必須有機雜質，但它不能有效移除合成中產生微量的提前終止的寡核苷酸雜鏈。然而，脫鹽的寡核苷酸還是能夠滿足ＰＣＲ檢測等基礎生物研究。
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