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進入二氧化碳培養箱培養環境時，對細胞存活有害的成分和導致細胞不純的外來物質應視為污染。不同的污染物對細胞的影響是不同的，有些是長期的、緩慢的、潛在的，有些則可以在短時間內抑制細胞生長或殺死細胞。根據污染源的不同，可分為生物污染、化學污染、物理污染和氣溶膠污染。
保持二氧化碳培養箱正常運作，避免細胞污染，需要定期清潔培養箱，這項工作很辛苦，但非常必要和有效。仔細按照以下步驟清潔二氧化碳培養箱，有利于減少污染，保持細胞生長良好。
1. 取出培養箱中的培養物。如果清洗時間不長，可以將其保存在干凈，無菌的容器中，保持其溫度。關閉培養箱，包括關閉供氣閥。
2. 取出所有隔板，隔板支架，以及所有附件、空氣管道。清空水盤并用干凈的無絨布擦干。
3. 用溫和的肥皂水清潔所有的內表面，管道，隔板，隔板支架，內門，風扇和門封條。使用溫和的洗潔精擦拭，去除所有隱藏的角落和縫隙中污垢、灰塵。圓角設計的培養箱更利于清潔工作。
4. 用蒸餾水沖洗箱體內壁和部件，并用干凈的無絨布再一次擦干。
5. 用稀釋的季銨鹽消毒劑擦拭內壁和部件。用70%酒精擦拭以除去任何剩余的消毒劑痕跡。再次強調，一定要擦到所有的角落，并記得安好門封條，更換內部零件。
6. 加熱培養箱，讓培養箱干燥。這應該只需要花一點時間，所以不要讓門開著——那只會重新引入新的灰塵和污物!
7. 如果選配的培養箱具備自動消毒功能，請立即運行。在周期完成之后，用無菌蒸餾水填充儲水器，并打開氣閥。
8. 記得清洗培養箱外壁，以消除可能進入的污垢和微生物。如果培養箱的頂部非常臟，當打開培養箱門灰塵很可能進入，所以清潔頂部是很重要的。用無絨布蘸溫和的肥皂水。然后用干凈的布蘸清水擦拭干凈。用干凈的干布擦干外面。特別要注意每個人都接觸的門把手。不要使用任何液體或噴霧清潔劑清潔觸摸屏顯示器。而需要使用干的超細纖維布來清潔這些。
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