超高效液相色譜的理論基礎為范德米特(VanDeemeter)方程。HETP=AdP+B/v+CdP2v式中:HETP為理論塔板高度;A為渦流擴散系數;dP為填料粒徑;B為分子徑向擴散系數;C為傳質因子;v為流動相線速度。由該方程可得出結論:顆粒度越小柱效越高;每個顆粒度尺寸有自己的最佳柱效的流速;更小的顆粒度使最高柱效點向更高流速(線速度)方向移動,而且有更寬的線速度范圍。所以降低顆粒度不但提高柱效,同時也提高速度。但是,應當看到在使用小顆粒的固定相時,會使$p大大增加,使用更高的流速會受到固定相的機械強度和色譜儀系統耐壓性能的限制。然而,只要使用很小粒度的固定相,并且只有在達到最佳線速度時,其具有的高柱效和快速分離的特點,才能顯現出來。因此要實現超高效液相色譜分析,除必須制備出裝填粒度小于2Lm固定相的色譜柱外,還必須提供高壓溶劑輸送單元、低死體積的色譜系統、快速的檢測器、快速自動進樣器和高速數據采集、控制系統等。上述幾個最新成果的組合,才促成超高效液相色譜的實現。  

如今，超高效液相色譜儀主要應用于：  

1.藥物分析如天然產物中復雜組分的分析  

2.生化分析如蛋白質、多肽、代謝組學等生化樣品  

3.食品分析如食品中農藥殘留的檢測  

4.環境分析如水中微囊藻毒素的檢測  

5.其他如化妝品中違禁品的檢測