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金屬氣相毛細管柱擔負氣相分離作用的核心，是系統的心臟。其固定相從理論上遵循相似性原則，即用非極性固定相分析非極性物質，用極性固定相分析極性物質，用含芳香基團的固定相分析芳香族被分析物。
那么金屬氣相毛細管柱應如何進行維護保養呢？
1、避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動。溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，在閥進樣時閥的轉動不能過緩。
2、選擇使用適宜的流動相，以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一預柱，是鍵合硅膠時，預柱為硅膠，可使流動相在進入柱之前預先被硅膠“飽和”，避免柱中的硅膠基質被溶解。
3、應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。
4、一般說來不能反沖，只有生產者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去留在柱頭的雜質。否則反沖會迅速降低柱效。
5、避免將基質復雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內，需要對樣品進行預處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應該經常更換。
6、經常用強溶劑沖洗，清除保留在柱內的雜質。在進行清洗時，對流路系統中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右，即常規分析需要50~75ml。
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