果汁澄清

加入果膠酶可以專一性地水解果膠類物質，使體系中其他膠體類物質因失去果膠的保護作用而沉淀析出，實現汁液澄清。

提高果蔬汁的出汁率

用果膠酶來加速果汁和風味提取，同時可以去除果膠。果膠酶不但能催化果膠解聚，有效降低黏度，改善壓榨性能，提高出汁率和可溶性固形物含量，而且能增加果汁中的芳香成分，減少果渣產生，同時還有利于后續的加工工序,利用酶解技術可以使不同果蔬的出汁率提高10%～35%。

用于提高果蔬汁出汁率的酶技術一般分為兩種: 一是果漿浸漬技術，即在破碎的果蔬漿中添加果膠酶，作用一段時間后榨汁;二是液化技術，即在果漿中添加果膠酶和纖維素酶，然后利用兩者的協同作用，使果蔬細胞壁盡可能降解。

改善酒的品質

在釀酒行業使用果膠酶，可以增加天然色素的提取量，改善酒的色澤與風味，增加酒香，并可產生起泡酒，對提高酒的質量有重要作用。紅葡萄酒制作中加入果膠酶的樣品比未加果膠酶的樣品發酵劇烈、迅速，可降低揮發酸的生成量，增加原酒干浸出物含量和總酚含量，改善葡萄酒的品質。

茶葉和咖啡發酵

在咖啡發酵過程中利用產堿性果膠酶微生物除去咖啡豆的黏表皮，有時添加堿性果膠酶來去除含大量果膠質的果肉狀表層。堿性果膠酶也可用于茶葉加工，以增加酚類物質、改善茶品質、促進茶葉發酵。研究人員指出，果膠酶可以明顯改善紅碎茶和紅茶的品質，特別是能提高其水浸出物的達標率;可改善速溶茶粉末在沖泡過程中易形成泡沫的狀況;用果膠酶處理茶浸出物，能分解果膠質，減少速溶茶形成穩固薄膜的力量。此外，果膠酶還可以增加茶在冷水中的溶解性，增加香氣，改善湯色與清澈度。

榨油

在植物油的榨取過程中，包括堿性果膠酶在內的細胞壁降解酶發揮著重要作用，如在橄欖油榨制時加入堿性果膠酶，可破壞起乳化作用的果膠，提高出油率，且榨出的油貯存時非常穩定，多酚類物質含量也有所增加。