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日常工作中由于操作不當、維護保養不到位極易導致離子色譜儀故障，導致儀器分析數據不準，部件損壞，損耗極大。從事該項工作的分析人員，必須嚴格按照操作規程，精心維護使用方能保證儀器正常運行。那么如遇到一些常見問題，應該如何處理呢？
1、 電導值異常
當儀器長時間未開機或者淋洗液雜質含量高、淋洗液濃度配制不正確、純水質量有問題、樣品含量過高或雜質含量多都會導致電導值異常，需要逐一排查。
2、色譜柱污染
樣品、淋洗液中的雜質積累會造成色譜柱污染，分離度變差、保留時間改變、峰不對稱等，色譜柱污染后可以使用高濃度有機溶劑如丙酮清洗，清洗完后用較稀的淋洗液置換。
3、 氣泡的處理
淋洗液使用前需要脫氣處理，樣品進入儀器前需要排氣泡，氣泡會對分析信號產生干擾，增大基線噪聲。每次更換淋洗液或者開機都要多排放一段時間淋洗液，同化管路，以保證測定樣品不受系統的影響。氣泡可經過超生或者靜置去除。
4、 基線和噪聲、峰形等問題
保留時間漂移：柱溫或者室溫發生變化、流速變化、流動相組成、濃度發生改變、系統有氣泡等都能造成保留時間波動。
基線噪聲和漂移：溫度波動、氣泡影響、流動相不均勻、樣品強保留組分、電子設備故障等原因造成。
峰形異常：柱選擇不當、柱堵塞、干擾峰、系統溫度過低、進樣體積過大等可能造成峰形異常。
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