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常用的計數方法主要有手工計數(如利用改良牛鮑計數板)和細胞計數儀計數(經費充裕組常備)。從原理來說，這兩種方法基本類似，大致是通過臺盼蘭或者熒光染料染色后，用肉眼或者用攝像機拍照后進行計數，差別就是前者人累，且精準度和穩定性較差；后者不累人，且精準度和穩定性較好。
單細胞測序實驗的第一步是單細胞懸液的制備，而懸液制備中細胞計數的準確性直接影響單細胞測序的數據質量。
1. 計數板
用96%酒精沖洗計數板后，用干凈鹿皮擦凈，另擦凈蓋片一張；把蓋片覆在計數板上面，使之微微移向一側，露出計數板臺面少許，以便滴加細胞懸液；
2. 染色
取吸管1 支，伸入培養瓶中，輕輕反復吹打細胞懸液使細胞重懸均勻后，立即吸細胞懸液少許，向另一離心管中滴入細胞懸液9 滴，再滴入臺盼藍染液1 滴，混勻，置2~3 分種；
3. 加懸液
把計數板平放在顯微鏡臺上，立即從計數板邊緣輕輕滴1~2 滴已染色的細胞懸液，使之充滿計數板和蓋片間空隙中；
4. 鏡檢
鏡下觀察可見細胞分散各處，健康細胞胞體完整，透明不著色，凡著色細胞均為不健康者。計算四角大方格內的細胞數；壓中線者只計算左線和上線者，右線和下線不計算在內(即僅計算壓兩個邊的細胞)。
5. 接種培養
通過計數測知懸液中細胞數后，可根據實驗所需細胞數量向培養容器中接種。細胞接種數量隨實驗目的、血清含量和細胞生物性狀而定；一般接種量在1~10x105細胞/毫升范圍，實驗周期短，希望細胞增殖較快時，接種量可大些。用含血清量大的培養液培養胚胎來源細胞、無限細胞系和惡性細胞系時，細胞接種數量不宜太大。
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