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細胞污染一般可分為微生物污染和真核生物污染。其中微生物污染包括真菌和酵母、細菌、支原體等。而真核生物一般是細胞系間的交叉污染。
細菌、真菌或酵母的污染很容易辨識，直接可通過培養基顏色變化、顯微鏡下觀察便可判斷。如細菌污染后細胞培養基變黃色，而且鏡下有小黑點，且有規律的運動。而酵母污染后培養基變紫色，鏡下可見透明、且連成一串的圓形。但如果是支原體污染的話，由于最開始支原體生長緩慢，而且顯微鏡下難以看出，因此很難發現。
真核細胞污染是指一種細胞污染了另外一種細胞，主要發生在操作不當，尤其是長時間進行某些細胞系的研究而傳代時。目前越來越多的科研人員發現了細胞間污染這一被忽略的問題。據不*統計，約有 15-20% 的細胞存在細胞間污染。
如何應對常見的細胞污染？
1)細菌污染：
細菌是一種原核細胞微生物，其大小以微米(μm)計。常見的污染細菌有革蘭氏陰性菌和大腸桿菌、假單胞菌等，革蘭氏陰性菌中白色葡萄球菌等比較常見。
遇到細菌污染，基本原則是馬上扔掉細胞，不要擴大污染。如果你的細胞真的十分寶貴，先用帶有雙抗的PBS反復沖洗幾遍，然后再培養液中加入硫酸慶大霉素、新霉素(50ug/ml)等，培養3天后換成帶有雙抗的培養液培養。
2)真菌污染：
是細胞培養過程中常見的一種，尤其在梅雨季節進行細胞培養更易污染。污染培養細胞的多為煙曲霉、黑曲霉、毛霉菌、孢子霉、白念珠菌、酵母菌等。霉菌污染后多數在培養液中形成白色或淺黃色漂浮物。
建議預防為主，在培養箱的水中加入硫酸銅。
3)支原體污染：
支原體是一種大小介于細菌和病毒之間(最小直徑0.2um)并獨立生活的微生物，支原體形態多變，在光境下不易看清內部結構。
支原體污染細胞后，培養液可不發生混濁。多數情況下細胞病理變化輕微或不顯著，細微變化也可由于傳代、換液而緩解，因此易被忽視。但個別嚴重者，可致細胞增殖緩慢，甚至從培養器皿脫落。
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