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作為微孔板比色計的酶標儀，其基本功能不外乎一個比色測定，所不同的是在測定波長范圍、吸光度范圍、檢測速度、震板功能、溫育功能、定性和定量測定軟件功能等方面的差異。
1.測定波長范圍
酶標儀有單波長和雙波長檢測功能有時使用者不知在什么情況下使用單或雙波長檢測。所謂的“單波長”就是使用一種對顯色具最大吸收的波長即450 nm或492 nm進行比色測定；而“雙波長”則除了用對顯色具最大吸收的波長即450 nm或492 nm進行比色測定外，同時用對特異顯色不敏感的波長如630 nm進行測定，酶標儀最后打印出來的吸光度則為二者之差。630 nm波長下得到的吸光度是非特異的，來自于板孔上諸如指紋、灰塵、臟物等所致的吸收。因此，在ELISA比色測定中，最好使用雙波長，且不必設空白孔。
2.吸光度范圍
對于酶標儀的吸光度范圍不僅要追求大的吸光度范圍，更重要要看在一定的吸光度范圍內的線性和精密度如何。
3.檢測速度
酶標儀的檢測速度是指其完成比色測定所需要的時間。檢測速度快，有利于提高檢測的精密度，即避免由于測定過程中，因測定時間不同所致的各微孔間吸光度間的差異。
4.震板功能
酶標儀的震板功能是指酶標儀在對ELISA板孔進行比色測定前對其進行振蕩混勻，使板孔內顏色均一。目前市場上常見的酶標儀均有震板功能，一般均為固定的震板方式。使用有震板功能的酶標儀，在進行ELISA測定顯色反應完成加入終止劑后，可不必振蕩混勻，直接放人酶標儀上測定即可。
5.溫育功能
溫育功能是指酶標儀本身能按要求自動精確地控制儀器內部的溫度，使得ELISA測定中微孔板條的溫育過程可在儀器內部完成，而無需再外配溫箱。溫育功能只是酶標儀的一個附加功能，是否具有并不能說明酶標儀檔次的高低及儀器的優劣。作為實驗室是否選擇，則可根據自己實驗室的條件及需要來決定。
6.軟件功能
軟件功能是指酶標儀所具有的對ELISA定性和定量測定及其他測定方式如酶標動力學、紫外和凝集等數據的統計分析并報告結果的功能。軟件功能是中高檔酶標儀的一個非常重要的功能。如果硬件方面區別不大，則軟件就成為判定酶標儀優劣的惟一指標。對于用戶來說，好的軟件功能，對實際工作會有較大的幫助。
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