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實時熒光定量PCR儀指的是在PCR進行的同時，對其過程進行監測的能力（即實時）。因此，數據可在PCR擴增過程中，而非PCR結束之后，進行收集。這為基于PCR的DNA和RNA定量方法帶來了革命性的變革。在實時熒光定量PCR(qPCR)中，反應以循環中檢測到目標擴增的時間點為特征，而非在一定循環數后目標分子累計的擴增量。目標核酸的起始拷貝數越高，則會越快觀察到熒光的顯著增加。相反，終點法檢測（也稱“讀板檢測”）測量的是PCR循環結束時累計的PCR產物量。
實時熒光定量PCR儀注意事項：
1.在實驗過程中要防止RNA的降解，保持RNA的完整性。在總RNA的提取過程中，注意避免mRNA斷裂。
2.為了防止非特異性擴增，必須設陰性對照。
3.內參的設定：主要為了用于靶RNA的定量。常用的內參有G3PD(甘油醛-3-磷酸脫氫酶)、β-Actin(β-肌動蛋白)等。其目的在于避免RNA定量誤差、加樣誤差以及各PCR反應體系中擴增效率不均一各孔間的溫度差等所造成的誤差。
4.PCR不能進入平臺期，出現平臺效應與所擴增的目的基因的長度、序列、二級結構以及目標DNA起始的數量有關。故對于每一個目標序列出現平臺效應的循環數，均應通過單獨實驗來確定。
5.防止DNA的污染：采用DNA酶處理RNA樣品，在可能的情況下，將PCR引物置于基因的不同外顯子，以消除基因和mRNA的共線性。
6.所有的玻璃器皿均應在使用前于180℃的高溫下干烤6hr或更長時間。
7.塑料器皿可用0.1%DEPC水浸泡或用氯仿沖洗（注意：有機玻璃器具因可被氯仿腐蝕，故不能使用）。
8.有機玻璃的電泳槽等，可先用去污劑洗滌，雙蒸水沖洗，乙醇干燥，再浸泡在3%H2O2室溫10min，然后用0.1%DEPC水沖洗，晾干。
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