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雙槽梯度PCR儀其實就是將多個的PCR反應放在一起做，不用一次一次的作很多次，可以很快的找出適合的退火溫度，或者說可以在適合的退火溫度下擴增出目的條帶。除具標準PCR儀功能外，其梯度模塊還能同時進行多個不同退火溫度的PCR反應，在梯度模塊上，可實現對梯度溫度和梯度寬度等參數的調整，自由編程溫度，梯度實現不同樣品的退火溫度并同時進行熱循環。僅一次實驗就能確定特定體系相應的退火溫度。從而可在短時間內對PCR實驗進行優化，大大提高PCR科研效率。
雙槽梯度PCR儀的常見問題及現場解決方案如下：
1、梯度PCR儀在產物序列中引入了錯誤，這大多是由于聚合酶忠實性低或者循環數太多，這時需要使用帶有校正活性的熱穩定聚合酶，同時降低循環數。此外，四種dNTP的濃度不同也會出現該問題，此時應制備新的濃度相同的dNTP混合物。
2、PCR跑膠，目的條帶很亮，但是邊沿不清楚，前后有拖尾現象。出現這樣的問題，則需要進行細致的分析，因為引起該問題的可能很多。可先檢查是否模板質量問題，如有降解等，模板應避免反復凍融。也有可能是抽提RNA時有污染，則需要重新抽提RNA。此外，也可能是非特異性擴增引發該問題，可提高退火溫度，少循環次數。電泳緩沖液時間太長，ph值和鹽離子濃度明顯改變、電泳時電壓太高、電泳液過久沒換，電泳膠臟了等都可能引發該問題。如果不是由上述原因引起，則進一步檢查加樣量是否過大，制膠過程中膠孔是否制好，EB是否沖洗干凈、模板中是否混有基因組DNA或蛋白等。也需考慮是否擴增的條件不合適。針對具體原因再采取相應的措施。
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