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無論在火焰原子吸收分光光度計中使用哪種波長選擇器，光都會穿過樣品。對于所有分析，測量參考樣品是*的。如果使用含有樣品的緩沖溶液進行測量，則使用不含目標物質的緩沖溶液作為參考。檢查細菌培養物時，將使用無菌培養基作為參考。參考樣品信號隨后由儀器自動使用，以幫助獲得分析物的真實吸光度值。
了解UV-Vis光譜實驗中使用的材料和條件非常重要。例如，大多數塑料比色皿不適用于紫外線吸收研究，因為塑料通常會吸收紫外線。玻璃可以充當過濾器，通常會吸收大部分UVC和UVB但允許一些UVA通過。因此，紫外檢測需要石英樣品架，因為石英對大部分紫外光是透明的。空氣也可以被認為是一種過濾器，因為波長短于約200nm的光被空氣中的分子氧吸收。波長小于200nm的測量需要特殊且更昂貴的設置，通常涉及充滿純氬氣的光學系統。無比色皿系統也可用于分析非常小的樣品體積。
火焰原子吸收分光光度計使用中遇到緊急情況如何處理？
1、停電必須迅速關閉燃氣，然后再將各部分控制機構恢復至操作前的狀態。
2、操作時，嗅到乙炔(或石油氣)氣味，可能有管道或接頭漏氣，應立即關閉燃氣，室內通風，避免明火，進行檢查。
3、火焰騷動不穩，這可能是燃氣、助燃氣比例不對，或燃氣嚴重污染，應立即關閉燃氣進行處理。
4、指示儀表突然波動，應立即關閉電源，檢查有關電氣部件和電源電壓變動情況。
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