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迷你梯度PCR儀的梯度溫度控制是一項可有助于PCR中引物退火優化的功能。 梯度設定的目的是在模塊之間實現變化的溫度，通過每列之間≥2°C的間隔溫度升降，使得可同時對于一系列的溫度進行測試以獲取引物退火溫度。該技術的一種形式便是設計帶有三個或更多分割金屬模塊的PCR儀，每一模塊都具有獨立的加熱和冷卻元件。 相比于梯度模塊，該模塊設計可帶來活設置三種或更多不同溫度的能力，以便使得每個獨立的區域都能進行更好的溫度控制，特別是在優化過程中。
獨立金屬模塊的絕熱性阻止了模塊之間的熱交換。 這就可實現更為準確的模塊溫度控制，確保模塊之間實現線性的溫度變化。
迷你梯度PCR儀分析方法：
·凝膠電泳分析：PCR產物電泳，EB溴乙錠染色紫外儀下觀察，初步判斷產物的特異性。PCR產物片段的大小應與預計的一致，特別是多重PCR，應用多對引物，其產物片斷都應符合預評的大小，這是起碼條件。
·瓊脂糖凝膠電泳：通常應用1~2%的瓊脂糖凝膠，供檢測用。
·聚丙烯酰胺凝膠電泳：6~10%聚丙烯酰胺凝膠電泳分離效果比瓊脂糖好，條帶比較集中，可用于科研及檢測分析。
·酶切分析：根據PCR產物中限制性內切酶的位點，用相應的酶切、電泳分離后，獲得符合理論的片段，此法既能進行產物的鑒定，又能對靶基因分型，還能進行變異性研究。
·分子雜交：分子雜交是檢測PCR產物特異性的有力證據，也是檢測PCR產物堿基突變的有效方法。
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