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三槽梯度PCR儀溫度的準確性可能會對PCR的成敗與否起決定性作用，因為PCR的三個主要步驟都依賴于溫度。 類似地，加熱模塊上孔與孔之間的溫度一致性對于獲取可靠而可重復的PCR結果也是至關重要的。 因此，所使用的PCR儀能在模塊之間準確到達設定的溫度并具有一致性十分關鍵。確保熱準確性的一種方法就是經常使用溫度驗證試劑盒進行檢測并根據需要由接受過培訓的專業人士進行重新校準。 溫度驗證檢測通常可用于：
在等溫模式下相對于設定溫度的孔間準確性；
在溫度轉換后相對于設定溫度的孔間準確性；
熱蓋溫度的準確性（可影響模塊和樣品溫度）。
Southern印跡雜交：在兩引物之間另合成一條寡核苷酸鏈（內部寡核苷酸）標記后做探針，與PCR產物雜交。此法既可作特異性鑒定，又可以提高檢測PCR產物的靈敏度，還可知其分子量及條帶形狀，主要用于科研。
斑點雜交：將PCR產物點在硝酸纖維素膜或尼膜薄膜上，再用內部寡核苷酸探針雜交，觀察有無著色斑點，主要用于PCR產物特異性鑒定及變異分析。
三槽梯度PCR儀由6個帕爾貼加熱塊組成，可進行PCR優化或在一輪反應中同時運行6種退火溫度可提供網絡功能，可由一臺儀器控制12臺儀器 支持0.5mL薄壁管，可更好地導熱并進行熱循環標準的0.2mL模式和可更換的樣品基座提供了優異的性能和耐用性 高通量的雙96孔樣品基座使每輪可進行192個樣品反應 高通量的雙384孔樣品基座使每輪可進行768個樣品反應，可選配自動熱蓋 支持0.5ml薄壁管，傳熱更迅速，擴增，異常小巧的設計，并且排風散熱裝置在儀器后部，可允許幾臺PCR儀并排放置，以節省寶貴的實驗臺空間 。
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