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同所有的活的有機體一樣，種子是通過新陳代謝與外界保持密切聯系的。來維持生命活動的。種子在儲藏期間進行新陳代謝作用的主要標志就是呼吸作用。種子憑借呼吸作用與外界環境條件(主要是指空氣中的氣體，溫度，濕度等)進行氣體，熱量，水分等代謝活動。因此，控制好種子的呼吸作用，減少儲藏物質的消耗。保持旺盛的生命力，才能達到安全儲藏的目的。
種子呼吸作用的方式有兩種，一是在通氣良好的情況下進行有氧呼吸。有氧呼吸就是消耗氧氣，氧化種子內的營養物質。產生一氧化碳、水和大量熱能，呼吸作用強，則消耗儲藏的物質多，就會在種子堆內積累水和熱量給安全儲藏帶來不利因素，二是在通氣不良缺氧時，種子就轉向缺氧呼吸，結果是除了產生二氧化碳和少量的熱能外，同時生成了較多的乙醇(酒精)，產生酒味會很快喪失發芽力。所以要保管好種子，必需控制種子的呼吸。
想要保存種子更長的時間，一般都是把它放到冰箱里面，因為低溫的環境可以適當延長它的壽命，即便是保存了很久，它的發芽率也是很高的。正常情況下，把種子包好放到冰箱中，可以保存差不多3-5年的時間。也可以把種子放到玻璃瓶里，之后放進冰箱也是可以的。但要注意有些種子是不耐保存的，建議早點播種。
當然也有其他方法。
種子保存方法
1、自然干燥儲藏即將種子陰干或曬干后裝入袋中或箱中，放置在普通室內保存。例如一串紅、虞美人、翠菊、百日草等大部分花卉種子都可自然儲藏。
2、低溫干燥密封儲藏種子經陰干或曬干后放于容器內，在冷涼(0～6℃)、干燥(相對濕度50%以下)的地方保存，大部分的種子都適于這種方法儲藏。
3、低溫潮濕儲藏種子采收后，隨即儲藏在能保持高濕度的容器中或與水分較大的河沙混合儲藏。儲藏的溫度為1～5℃，相對濕度80%～90%為宜。適宜這種方法儲藏的有文殊蘭、芍藥、牡丹、柑橘、枇杷等的種子。
4、濕儲藏種子采收后，立即儲藏于水中，如睡蓮、王蓮等水生花卉的種子。
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