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一、硅膠基質填料
硅膠是HPLC填料普遍的基質。除了具有無機物基質共有的高強度，還提供了一個表面，可以通過成熟的硅烷化技術鍵合范圍很廣的配基，制成反相、離子交換、疏水作用、親水作用或分子排阻色譜。硅膠基質填料適用廣泛的溶劑，從極性到非極性。其缺點是在水溶性堿性流動相中不穩定。通常，硅膠基質的填料推薦的常規分析pH范圍為2～8。
1、正相色譜
正相色譜用的固定相通常為硅膠(Silica)以及其它具有極性官能團,如胺基團(NH2,APS)和氰基團(CN,CPS)的鍵合相填料。由于硅膠表面的硅羥基(SiOH)或其它極性基團極性較強，因此，分離的次序是依據樣品中各組份的極性大小，即極性較弱的組份最先被沖洗出色譜柱。正相色譜使用的流動相極性相對比固定相低，如：正己烷(Hexane)、氯仿(Chloroform)、二氯甲烷(MethyleneChloride)等。
2、反相色譜
反相色譜用的填料常是以硅膠為基質，表面鍵合有極性相對較弱的官能團的鍵合相。反相色譜所使用的流動相極性較強，通常為水、緩沖液與甲醇、乙腈等的混合物。樣品流出色譜柱的順序是極性較強的組份最先被沖洗出，而極性弱的組份會在色譜柱上有更強的保留。
常用的反相填料有：C18(ODS)、C8(MOS)、C4(Butyl)、C6H5(Phenyl)等。
二、聚合物填料
聚合物填料多為聚苯乙烯-二乙烯基苯或聚甲基丙烯酸脂等，其優點是在PH值為1～14均可使用。相對于硅膠基質的C18填料，這類填料具有較強的疏水性，而且大孔的聚合物對蛋白質等樣品的分離非常有效。其缺點是相對硅膠基質填料，色譜柱柱效較低。
三、其它無機填料
其它HPLC的無機填料色譜柱也已經商品化由于其特殊的性質，一般僅限于特殊的用途。如，石墨化碳黑正逐漸成為反向色譜柱填料。這種填料的分離不同于硅膠基質烷基鍵合相，石墨化碳的表面即是保留的基礎，不再需其它的表面改性。該柱填料一般比烷基鍵合相硅膠或多孔聚合物填料的保留能力更強。石墨化碳可用于分離某些幾何異構體，由于在HPLC流動相中不會被溶解，這類柱可在任何PH與溫度下使用。氧化鋁也可以用于HPLC。氧化鋁微粒剛性強，可制成穩定的色譜柱柱床，其優點是可以在pH高達12的流動相中使用。但由于氧化鋁與堿性化合物的作用也很強，應用范圍受到一定限制，所以未能廣泛應用。新型色譜氧化鋯基質填料也可用于HPLC。商品化的只有聚合物涂層的多孔氧化鋯微球色譜柱，應用pH1～14，溫度可達100℃。
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