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1、安放應選擇干燥清潔的房間，以避免光學部件發霉、金屬部分生銹以及粘滿灰塵。顯微鏡使用完畢后，即放回箱（柜）內，或用玻璃罩、塑料套罩住，并放入干燥劑。
2、不要自行拆卸各部件；鏡筒要插上目鏡或目鏡蓋，避免灰塵從鏡筒上部進入；透鏡表面不要用手指碰觸或拭擦，如有灰塵，先用柔軟毛筆輕輕拂去，再用柔軟的清潔細布擦拭，也可用擦鏡紙蘸少許二甲苯或石油醚擦拭，但注意不要在透鏡表面劃出條紋。如鏡片有輕度長霉，用紙擦不下去時，可用棉簽蘸少許70%乙醇與30%yi醚混合液輕輕擦拭。
3、不可與腐蝕性酸類、堿類或揮發性強的化學藥品放在一起，以免被腐蝕，縮短使用年限。原則上，當觀察含液體的標本時，一般都要蓋上蓋玻片；若液體中含有酸、堿等腐蝕性化學物質時，應把蓋玻片的四周用石蠟或凡士林封住，然后觀察。但由于進行中藥顯微鑒定時，經常要用這一類試劑，不可能都封固，因此要特別小心，防止液體流到載物臺上，更不要沾到物鏡上。
4、不應在直射陽光下暴曬，也不要放在靠近爐子或暖氣的地方，以避免過度的冷熱變化引起透鏡和機件的脫膠、變形或損壞。
5、清潔接物鏡只限于外表面。接物面被藥品污染后用拭鏡紙蘸少許擦鏡液拭擦（不要用乙醇）；若背面需清潔時，可用柔軟毛筆拂拭，或用皮吸頭吸去灰塵。
6、轉動粗調焦比細調焦動作要緩慢，不要壓碎蓋被片。
7、使用油鏡后，須將鏡頭上的香柏油擦拭干凈（可用擦鏡紙蘸少許二甲苯拭擦，但注意二甲苯不能滲入鏡頭內部，否則二甲苯溶解透鏡之間的粘合劑，可使鏡片脫落）。
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