DAPI溶液，也稱DAPI dihydrochloride，是一種可以穿透細胞膜的藍色熒光染料，和雙鏈DNA結合后可以產生比DAPI自身強20多倍的熒光。和EB(ethidium bromide)相比，對雙鏈DNA的染色靈敏度要高很多倍。因為DAPI是含有特定AT序列DNA的一種嵌入劑，它能像Hoechst染料一樣粘附在DNA雙螺旋的小溝區。

盡管DAPI不能通過活細胞膜，但卻能穿透擾亂的細胞膜而對核染色。DAPI具有很高的光漂白承受水平，能用來檢測酵母線粒體DNA，葉綠體DNA，病毒DNA，microplasm DNA以及染色體DNA。DAPI-DNA復合物的激發和發射波長分別為360nm和460nm。

DAPI染色常用于細胞凋亡檢測，染色后用熒光顯微鏡觀察或流式細胞儀檢測。DAPI也常用于普通的細胞核染色以及某些特定情況下的雙鏈DNA染色。

API溶液使用過程：

1、用1mL ddH₂O將DAPI溶解，制得2.9mM的DAPI溶液（1mgDAPI/1mL H2O）。

DAPI不能直接用PBS等緩沖溶液溶解，需要先用水將其溶解。

2、取適量DAPI水溶液加到PBS中，制備成10~50µM的DAPI溶液。 推薦以下PBS的配制方法： 將8.00g NaCl、0.20g KCl、2.9g Na₂HPO₄·12H₂O、0.2g KH₂PO₄溶解于1L純水中。

3、將1/10培養基體積的DAPI溶液加入到細胞培養基中。也可以1/10濃度的DAPI緩沖液代替培養基。

4、在37℃培養細胞10~20分鐘。

5、用PBS或合適的緩沖液洗細胞兩次。

6、用帶有360nm激發波長，460nm發射波長的濾光片的熒光顯微鏡觀察細胞。