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核黃素主要是與維生素B2分子中異咯嗪上1,5位N存在的活潑共軛雙鍵有關，既可作氫供體，又可作氫遞體。在人體內以黃素腺嘌呤二核苷酸（FAD）和黃素單核苷酸（FMN）兩種形式參與氧化還原反應，起到遞氫的作用，是機體中一些重要的氧化還原酶的輔基，如：琥珀酸脫氫酶、黃嘌呤氧化酶及NADH脫氫酶等。
主要參與的生化反應有呼吸鏈能量產生，氨基酸、脂類氧化，嘌呤堿轉化為尿酸，芳香族化合物的羥化，蛋白質與某些激素的合成，鐵的轉運、儲存及動員，參與葉酸、吡多醛、尼克酸的代謝等。
1、參與體內生物氧化與能量代謝，與碳水化合物、蛋白質、核酸和脂肪的代謝有關，可提高肌體對蛋白質的利用率，促進生長發育，維護皮膚和細胞膜的完整性。具有保護皮膚毛囊粘膜及皮脂腺的功能。
2、參與細胞的生長代謝，是肌體組織代謝和修復的必須營養素，如強化肝功能、調節腎上腺素的分泌。
3、參與維生素B6和煙酸的代謝，是B族維生素協調作用的一個*。FAD和FMN作為輔基參與色氨酸轉化為尼克酸，維生素B6轉化為磷酸吡哆醛的過程。
4、與機體鐵的吸收、儲存和動員有關。
5、還具有抗氧化活性，可能與黃素酶-谷胱甘肽還原酶有關。
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