水下清淤施工主要對于淤泥較多的河道進行清淤，而進行河道清淤就會產生大量的淤泥，這些淤泥一般含水率高、強度低，部分淤泥可能還會含有有毒有害物質，而這些物質被雨水沖刷后很容易浸出，這樣
就會造成對周圍水環境的二次污染。因此有必要對清淤后產生的淤泥進行合理的處置。

水下清淤施工對于淤泥的處理方法，會受到淤泥本身的基本物理和化學性質的影響，這些基本性質主要包括淤泥的初始含水率、黏粒含量、黏土礦物種類及污染物類型和污染程度。在實際的淤泥處理工程中，可以根據待處理淤泥的基本性質和擁有的處理條件，選擇合適的水下清淤施工方案。

淤泥是否污染及含有的污染物種類不同，其相應的水下清淤施工方法也不盡相同。

對污染物超過相關標準的淤泥，在水下清淤施工時應考慮降低污染水平到相關標準之下，例如對重金屬污染超標的淤泥可以采取鈍化穩定化技術。當處理后的淤泥擬用作路堤或普通填土而離水源地較遠，氮無法再次進入到水源地造成污染時，一般不再考慮污染問題。

如果水下清淤施工工程中產生的淤泥基本上沒有污染物或污染物低于相關標準，例如淤泥無重金屬污染，同時氮等營養鹽的含量也低，對于此類沒污染或輕污染的淤泥可以進行資源化處理，這類淤泥主要產生于工業比較落后的農村地區。