蘇木素和伊紅在組織學上被經常使用，與碘液不同，這是長久一種染色劑。其他常用的含有蘇木素的染色劑有磷鎢酸蘇木素染色劑，也就是磷鎢酸與蘇木素的混合物。

蘇木素染色劑經常為組織的研究使用，明礬和三價鐵鹽常常被用作媒染劑，展示核和細胞質結構。

這些媒染劑的原理都是形成媒染劑－染料－組織復合體，從而顯示顏色。

使用的鹽不同顏色也不同： 當用鐵鹽呈現深藍色顏色沉淀，用鋁鹽通常顯示藍白色。

下面分別介紹鋁蘇木素溶液和鐵蘇木素溶液。

鋁蘇木素溶液：能夠把細胞核染成半透明的淺藍色，在酸性環境下會迅速變成紅色。作為媒染劑使用的鉀鋁硫酸鹽在堿性溶液通常結合與氫氧根形成不能溶解的氫氧化鋁。

在過量的酸中，氫氧化鋁由于缺乏OH-離子而溶解,因此,鋁蘇木素溶液的酸性溶液變成紅色。 在鋁蘇木素溶液染色時，被染色的部分通常轉移到一種堿性溶液中，中和酸并釋放氫氧根，形成一個不溶的藍色鋁蘇木精復合物。

鐵蘇木素溶液：使用氯化鐵銨作為媒染劑）不能長期保存。鐵蘇木精溶液能夠用于幾乎所有的固定劑，而且如果用于媒染的過量的鐵離子都被沖洗凈的話，能夠長久著色。在酒精中浸泡多年的組織往往不易著色，這時就可以選擇鐵蘇木素染色，效果很好。鐵蘇木素溶液會把細胞核染成灰黑色，常常用于顯微照相。