甲苯胺藍是常用的人工合成染料的一種屬于醌亞胺染料類，是堿性染料，甲苯胺藍中的陽離子有染色作用，組織細胞的酸性物質與其中的陽離子相結合而被染色，可染細胞核使之呈藍色；肥大細胞胞質內含有肝素和組織胺等異色性物質遇到甲苯胺藍可呈異染性紫紅色，可用于尖銳濕疣的初篩及肥大細胞的檢測。不推薦用于軟骨、胃粘膜等難染組織的染色。
肥大細胞的染色:
（1）組織脫蠟水。
（2）蒸餾水浸洗2-3次。
（3）甲苯胺藍染液染20-30min。
（4）稍水洗，洗去多余染色液。
（5）95%酒精分色，在鏡下控制分色效果。
（6) 用100%酒精脫水。
（7）二甲苯透明，中性樹膠封片。
肥大細胞染色結果：肥大細胞顆粒呈紅紫色，胞核呈藍色。
細胞涂片染色 ：
（1）細胞涂片后，立即放入95%的乙醇中固定，取出放在紙巾上。 
（2）滴加1～2滴稀釋后的甲苯胺藍染色液進行滴染，加蓋玻片讓染料滲透到細胞中。
（3）后將玻片豎起，稍加壓力，使多余染料被紙巾吸去。
（4）無需干燥，直接鏡檢。
細胞涂片染色結果：細胞核、淋巴細胞呈深藍色；核仁呈紫紅色；紅細胞呈橘紅；細胞質、單核細胞呈淡藍色。
原位雜交染色 ：
（1）用蒸餾水或去離子水稀釋到相應的濃度，憑經驗一般稀釋比例大于1:10。
（2） 玻片在稀釋好的染色液中短暫浸泡。
（3） 在蒸餾水或去離子水浸泡數次。
（4） 按需求進行壓片固定。
神經元細胞的染色：
（1）將載有細胞的玻片取出放入4％多聚甲醛中固定1h左右；
（2）到時間后取出用PBS沖洗1～2次即可；
（3）然后加入提前預熱的1％甲苯胺藍溶液，在50度左右的氣浴或水浴中染色20～30min；
（4）用梯度酒精已次脫水，分別為75％、90％、100％，也可自定梯度；
（5）在鏡下控制分色效果，這一步不太好掌握；
神經元細胞染色結果：可見尼氏小體深藍色顆粒，細胞核呈淡藍色，背景基本無色。
        上海吉生化科技有限公司自產產品1%甲苯胺藍染色液，產品編號號為T82960，主要用于生化實驗中肥大細胞的檢測。