高純度氫氣發生器凈化系統通常分為以下三種

1.硅膠/分子篩凈化系統

　　硅膠和分子篩凈化系統是高純氫氣發生器常用的凈化裝置。一般而言，使用硅膠進行初步脫水，分子篩進一步脫水。由于硅膠價格便宜、活化再生方便，應此硅膠/分子篩凈化系統是使用的脫水方式。需要注意的是，當硅膠吸附水分之后，會由天藍色變為粉紅色，應當及時更換。

 2.變壓吸附凈化系統

　　變壓吸附凈化系統在氮氣發生器中也常有使用。

　　變壓吸附(PSA)是一項用于氣體分離的技術，變壓吸附(PSA)技術的基本原理是利用吸附劑及不同壓力下對不同物質的吸附容量的不同從而達到氣體分離的目的。其基本過程是在高壓下吸附劑將氣體中的雜質吸附，目標氣體（H2）被吸附相對較少，穿過吸附層成為所需的氣體；然后在低壓下，被吸附的雜質氣解吸出來。這樣的過程反復循環，zui終的得到高純的產品氣體（H2）。

3.鈀薄膜凈化系統

　　除了上述兩種凈化方式之外，還有一種鈀薄膜的凈化系統（應用較少），其基本原理是利用高溫下只有氫原子才能穿透鈀銀合金薄膜的特性來進行凈化。當氫原子穿透鈀銀合金薄膜之后，在鈀薄膜的另一側，單原子氫重新組合為雙原子氫氣。