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自動進樣器中的洗瓶、注射器和毛細管組件都需要進行日常維護，細心的維護能夠zui大限度的減少污染，進步分析結果的重復性。
洗瓶一般是拆下清洗。先用20%的硝酸裝滿洗瓶，然后用往離子水淋洗。在用0.01~0.05%的硝酸重新灌滿洗瓶。
有時碳粒子會沉積在進樣毛細管的，此時需要用薄紙將其擦往。假如無法清除，就會影響定量正確度。在分析基體比較復雜的樣品時，輕易污染毛細管。在此情況下，可以直接操縱毛細管從一含有20%硝酸的樣品瓶中吸取70μL的溶液，當毛細管吸完液體并且仍浸在樣品瓶中時，立即封閉自動進樣器。過幾分鐘之后重新啟動自動進樣器，并排出毛細管中的液體。這樣就能對毛細管的內外側都進行清洗。同樣的，對于有機殘留物可以使用丙酮作為溶劑按照上述步驟進行清洗。對于聚四氟乙烯的毛細管無論是操縱還是清洗都需要格外的細心。假如樣品分析的重復性由于毛細管的彎曲或絞結而急劇下降，就需要立即拉直。假如毛細管尖斷損壞，可以使用鋒利的解剖刀或剃刀將損壞處以90o方向切除。
自動進樣器需要維護的zui后一部分是注射器。天天都需要檢查毛細管和注射器中是否有氣泡。系統中存在的氣泡會引起定量不準，導致分析結果錯誤。用戶可以按照儀器的使用手冊來排除氣泡。假如氣泡仍然吸附于注射器中，就需要進行清洗了。清洗時可以使用中性洗滌劑清洗，然后用往離子水淋洗干凈。確認清洗過程中沒有污染引進注射器中。清洗過程中千萬小心，不要將柱塞弄彎。
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