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大容量柱溫箱中，柱溫是影響化合物保留時間的重要因素。使用中，應注意柱溫的選擇，因為柱溫關系到：
①色譜柱固定液的壽命。若柱溫高于固定液的zui高使用溫度，則會造成固定液隨載氣流失，不但影響柱的壽命，而且固定液隨載氣進入檢測器，將污染檢測器，影響分析結果。
②分離效能和分析時間。若柱溫過高了，會使各組分的分配系數K值變小，大容量柱溫箱分離度減小；但柱溫過低，傳質速率顯著降低，柱效能下降，而且會延長分析時間。
③化合物保留時間。柱溫越高，出峰越快，保留時間變小。柱溫變化會造成保留時間的重現性不好，從而影響樣品組分的定性結果。一般柱溫變化1℃，組分的保留時間變化5%；如果柱溫度變化5%，則組分的保留時間變化20%。
④色譜峰峰形。柱溫升高，正常情況下會導致半峰寬變窄，峰高變高，峰面積不變。但是組分峰高變高，以峰高進行定量時時分析結果可能產生變化；反之柱溫降低，則相反。
而在色譜定性方法中，柱溫變化對定性結果的影響如下：
①當采用保留值定性時，其他色譜條件不變，柱溫變化時，保留時間就會發生變化，這樣就直接影響定性結果判斷。
②當采用相對保留值α定性時，α只是柱溫和固定液的函數，大容量柱溫箱只與待測組分的熱力學性質有關，消除了外界因素的影響，因此跟柱溫變化關系不大，但是柱溫變化影響判斷結果。
③當采用保留指數定性時，恒溫分析，保留指數與保留時間有關，而柱溫影響保留時間變化；程序升溫分析，除了保留時間，保留指數還與保留溫度有關。因此，這種定性方法易受柱溫變化影響。
④當采用純樣疊加法定性時，已知混合物中含某組分，將該組分的純樣加入，觀察加入前后的響應信號變化。柱溫變化，保留時間變化，但是加入前后的樣品影響信號變化是一致的，因此柱溫變化不影響采用這種方法定性的結果。
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