物理圖譜（physicalmap）：物理圖譜反映的是DNA序列上兩點之間的實際距離，而遺傳圖譜則反映這兩點之間的連鎖關系。

物理圖譜描繪DNA上可以識別的標記的位置和相互之間的距離（以堿基對的數目為衡量單位），這些可以識別的標記包括限制性內切核酸酶的酶切位點，基因等。

物理圖譜不考慮兩個標記共同遺傳的概率等信息。它有多種形式，包括限制性圖譜（restrictionmap），用于對小區域、如kb數量級做精細結構制圖；細胞遺傳學圖cytogeneticmap），用于較大片段如以104kb為長度數量級的區域制圖；還有STS含量圖（STScontentmap）和放射性雜交圖radio active hybridization），它們的分辨區域都大于1Mb（1000kb）；熒光原位雜交圖譜（FISH圖譜，fluo-rescence in situ hybridization）使用熒光標記的DNA探針，來探測克隆體染色體DNA的物理圖譜，從而以細胞遺傳學圖中一條帶或一個熒光點的位置定出克隆體的位置。

對于人類、高等植物基因組來說，zui粗的物理圖譜是通過染色體分帶技術在染色體上的條帶染色模式，zui精細的物理圖譜是測出DNA的完整堿基對序列。