毛細管柱明顯好于填充柱，口徑越細，效果越明顯。由于毛細管柱內徑極小，有效地解決了柱內擴散效應，使得鋒形尖銳，分離度好。

毛細管柱柱效高，分離性能好，可一次分離的組分多，柱容量小，通常情況要分流進樣。

毛細管色譜柱是填充色譜柱的升級產品，目前安捷倫公司已經停止填充色譜柱的生產。毛細管色譜柱在各方面的性能都比填充柱高出許多，但目前毛細管色譜柱也不能*取代填充色譜柱，填充色譜柱也有它的優勢。