氣質聯用儀具有GC的高分辨率和質譜的高靈敏度，是生物樣品中藥物與代謝物定性定量的有效工具,氣質聯用儀目前以應用于多個領域，包括環境應急檢測，尤其是在生產、運輸、貯存中發生事故造成的突發性的環境污染事故。還可以應用于海關，針對危險品和爆炸物等進出口物品進行檢測，快速的檢測更適用于海關檢測需求。在食品安全領域，也有著重要應用，尤其是對食品中是否含有揮發性或是半揮發性的有害成分進行檢測等。
1、伸入質譜腔中的長度不適當，太長或太短都不行。
2、墊圈要松緊合適，太松會有漏氣的隱患，太緊則會壓碎墊圈。
3、清洗離子源時打開腔體后密封不嚴：
門上的密封圈（島津的是門，安捷倫的是蓋）上只要沾了一點點肉眼無法察覺的毛發或絨線就會引起漏氣。這時一般操作書上要求的都是戴上尼龍手套清潔，但這對于處理離子源時是很重要的，但是對于處理密封圈來說，不戴手套的效果更好。原因是手上多少會有一些油脂，只要沿著密封圈抹上一圈，可以有效地消除絨線的影響。而這些油脂離加熱源遠，和離子源也遠，基本屬大分子有機物，對于檢測沒有影響。
4、平時操作氣質聯用儀時，要對在通氣和不通氣的情況下，多長時間真空度能達到多少有一個大致的數值概念標準。如果換柱或清洗離子源后，抽真空的速率比平時差距太遠，就要先考慮是否是安裝不當漏氣的問題，早些降溫關機處理。
5、儀器每次開機要穩定8小時，至少要達到4小時后才可以開始測試樣品。
6、檢查氣質聯用儀是否有故障與損壞。
以上是關于使用氣質聯用儀需要注意的事項。
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