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UK biobank – 大的隊列樣本庫的前處理與存儲策略

閱讀:13      發布時間:2024-11-20
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UK Biobank是目前世界上大的人類遺傳隊列樣本庫,它收集了50萬名來自英國40-69歲志愿者提供的共1500萬份樣本,旨在研究遺傳因素、環境因素、生活習慣等與人類重大疾病的關聯。

UK Biobank 為了保障樣本庫在建成后可以順利投入運行,在建設之前即做了大量的調研工作,制定了非常明確的前處理和存儲策略,并將相關成果發表在International Journal of Epidemiology上(The UK Biobank sample handling and storage protocol for the collection, processing and archiving of human blood and urine)。

小編認為,雖然其策略于血液和尿液樣本,但其決策流程蘊含著非常清晰的邏輯,值得各類新建樣本庫借鑒。

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1. 哪些種類的樣本可以支持我的研究目的?

如之前提及,UK Biobank其研究目的是尋找遺傳因素、環境因素、生活習慣與重大疾病的關聯。而一般健康的志愿者可以提供的樣本種類包括了:血液、尿液、糞便、指甲、頭發、唾液等。哪些樣本可以提供有關遺傳與環境因素的面信息?哪些樣本最易收集且存儲經濟? UK Biobank進行了全面的考量(見下圖),最終決定只存儲血液和尿液;部分備選的樣本種類被排除,如糞便難以收集,只能提供腸道菌群等較少信息且存儲成本高昂。

 

2. 樣本以何種形式存儲可以滿足下游應用?

同一大類的樣本仍存在不同的存儲形式,如血液可以血清、血漿、白細胞層、紅細胞、DMSO全血等細分形式進行存儲,各個細分形式的下游應用不同。另外,不同的應用對樣本數量的需求也不同。UK Biobank同樣也對此進行了分析決策(見下圖)。

3. 選擇合適的前處理和存儲策略

由于存儲目標已非常明確,我們只需尋找相應的前處理和存儲方法來達到此目標即可。需要注意的是,不同的前處理方法及試劑的使用會對下游的應用造成很大的影響,如使用作為抗凝劑的血液樣本,可能會更適合作為代謝物檢測的樣本源,而并不適合作為DNA純化及PCR的樣本源。另外,不同的運輸和存儲溫度均可能對下游應用產生影響,如用于復蘇細胞的全血樣本更適合在18度進行短期運輸而非4度,且應全部在-140度以下進行長期保存;又如,行血液學檢測的全血樣本應在采集后立即使用,而不應在凍存后的再行檢測。小編在這里借鑒了UK biobank的策略及其它的相關參考文件,整理出下表,供各位老師參考:

UK Biobank 的主要冷凍保藏設備及耗材均由賽默飛提供,包括Thermo Scientific™ Forma™ 超低溫冰箱、液氮儲存箱、液氮罐、程控降溫儀、二維凍存管以及Nautilus LIMS系統。 

同時賽默飛世爾科技自建有第三方樣本保存庫,為樣本庫行業持續服務三十年,并獲樣本庫行業實踐獎。

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