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氣相色譜中，柱箱溫度是影響化合物保留時間的重要因素。使用中，應注意氣相色譜柱溫的選擇。色譜柱使用溫度主要由固定相決定。

1、聚二甲基硅酮類固定相: OV-1，SE-30(彈性體，OV-101，SF96，DC2000 流體)，使用溫度上限為 300℃，但把溫度上限改為 280℃，可使柱子壽命顯著延長。一般來說，彈性體類固定液比流體類更穩定些，SF96，DC200 因含有較高水平的殘留催化劑和不純物，不宜作 GC/MS 分析。

2、聚苯基乙基硅酮：SE-52(彈性體，5%苯基)，SE-54(彈性體，5%苯基，1%乙烯基)，DC10(液體，35%苯基)，OV-17(液體，50%苯基)實際上限250℃。SE-52、SE-54 在 280 時穩定性很好，常用于 GCMMS 分析，并能容納超負荷的大進樣量。苯基含量增加、穩定性要差點。

3、聚氰丙基硅酮是極性強的硅酮固定液：OV225(液體，25%氣丙基，25%苯基)，Silav10c、SP2340(液體，75%氛丙基)，實際溫度上限是 250℃。

4、聚乙二醇型(Carbowax or PEG)固定液是乙烯氧化物聚合體的混合物，其名稱反映了他們分子量變化范圍的平均值。Carbowax 20000(臘狀固體)，FFAP(兩終端都是對苯二甲酸的 Carbowax 20000)，實際溫度上限是 220℃。