氣相色譜儀是完成氣相色譜分析的主要工具、而要體現操作筒單的特點，達到快速準確分析的目的，需要實驗室分析人員具備熟練操作儀器的能力，同時對于氣相色譜儀的日常維護更是了如指掌。
一、按儀器使用說明書的規程操作
這一點主要是針對新購置和安裝的儀器，不僅要清點零部件與備件是否齊全，更要檢查說明書是否齊全，一定要妥善保管這些資料，以備日后查閱。在獨立操作儀器前，一定要認真閱讀有關使用說明書，并且嚴格按規程操作。這是做好儀器分析的前提，而且當儀器出現問題時也方便與廠商溝通。
二、準備一份色譜柱的測試標樣
色譜柱性能是保證分析結果的關鍵。新購置的氣相色譜柱，先要用測試樣來評價其性能，如果采用色譜柱廠商提供的測試條件而結果不合格時，可以要求退換貨，以免造成后續實驗的問題。更重要的是，之后使用過程中色譜柱的性能會發生變化，當分析結果出現問題時，可以用測試樣測試色譜柱，并與之前結果進行比對，這樣有助于問題的排查，以確定問題是否是因為色譜柱造成的。每次測試結果都應該保存起來作為色譜柱的壽命記錄。另外，進行一段時間的試驗之后，應該對色譜柱進行一次高溫老化，以除去柱內可能殘留的污染物，然后用測試樣再次評價色譜柱。
三、及時更換毛細管色譜柱密封墊
石墨密封墊漏氣是氣相色譜常見的故障之一。一定不能在不同的色譜柱上重復使用同一石墨密封墊，即使同一根柱子卸下重新安裝時，也要更換新的石墨密封墊，這樣能保證更高的工作效率。如果裝上色譜柱后發現漏氣而再更換密封墊則會浪費更多的時間。即使舊的密封墊可以使用，也需要比新的多擰緊些，容易擰斷色譜柱。
四、使用純度符合要求的氣體
載氣一定要是高純級的，以避免干擾分析和污染色譜柱或檢測器。畢竟色譜柱的價格是高純氮氣或者氦氣的十倍以上，如果因為省錢而用普通氣體未免有些得不償失了。檢測器的輔助氣體也用高純級的。雖然在靈敏度要求不高的時候可以用普通氣體，但代價很有可能是造成檢測器污染。
五、定期更換氣體凈化器填料
變色硅膠可以根據顏色來判斷其性能，但分子篩等吸附有機物的凈化器就不好通過觀察來判斷了。定期更換，基本以3個月為周期。如果硅膠與分子篩裝在一起，更換硅膠時也應該更換分子篩。
六、使用性能可靠的壓力調節閥
裝在氣體鋼瓶上的減壓閥要保證質量。有些新閥就會存在漏氣的情況，所以需要經常檢漏，隨時發現問題。如果不注意輕則造成氣體浪費，重則會出現安全問題，后果不堪設想。
七、定期更換進樣口隔墊
進樣口隔墊漏氣是氣相色譜的常見故障之一。有些儀器有自檢功能可以發現漏氣，但是有些微小的漏氣問題也是不能保證發現的，更有些儀器就沒有自檢功能，漏氣就更是無從查起了。
市售的隔墊一般分為三種類型，普通型（可耐溫至200℃）、優質型（可耐溫至300℃）和高溫型（可耐溫至400℃）。耐高溫或抗老化性能越好、壽命越長，價格當然也就也就越高。選擇時可以根據實際分析條件和需求決定，常規分析實驗室（汽化溫度不超過300℃）選擇優質型的隔墊就可以了，做高溫氣相分析時選取高溫型隔墊。至于多久更換一次隔墊則需要看分析樣品的性質和分析條件了。常規檢測性實驗室一般每天更換一個。一個隔墊的連續使用時間不要超過一周，當然對于經驗豐富的實驗室人員是可以憑經驗、手感之類的判斷是否需要更換的。
八、及時清洗進樣針
干凈的進樣針能避免樣品記憶效應的干擾。更換樣品時需要清洗，用同一樣品多次進樣時也要用樣品本身清洗進樣針。一支進樣針暫時不用時，更要清洗，否則殘留在其中的樣品可能將針芯粘住，造成進樣針的報廢。使用自動進樣器時也要注意此問題，建議經常更換和清洗進樣針。
九、定期檢查并清洗進樣口襯管
儀器長期使用后會發現襯管內積存有焦油狀物質，這是樣品中的不揮發成分造成的。此外還會有顆粒狀物質積存（隔墊碎屑、樣品中的固體物質），這些都會干擾分析的正常進行。因此要定期檢查，及時清洗。值得注意的是，現在的襯管中已經填充了一些經硅烷化處理過的石英玻璃毛，既可以提高樣品的汽化效率，又能防止隔墊碎屑進入色譜柱造成堵塞，也可以根據實際需要更換或者增減玻璃毛，以期達到更好的效果。
十、保留完整的儀器使用記錄
儀器使用記錄是儀器的履歷，應逐日記錄，包括操作者、分析樣品、條件、儀器工作狀態等，一旦儀器出現問題，這是查找原因的重要資料。一些研究性的實驗室往往不太注意儀器使用記錄的填寫，這是需要注意的問題。
十一、更換零部件要逐一進行
維修儀器時，不要一次更換多個部件，這要容易造成故障原因的判斷失誤。應該一次更換一個部件，經測試后再更換另一個。這樣既可以更準確的判斷故障原因，也能避免不必要的開支。
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